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发布时间:2024-07-07 23:29:48

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基于同源建模的蛋白质结构预测方法的研究陈红梅, 周俊祥(商丘师范学院计算机科学系,河南商丘476000)摘要:针对profile-profile 方法中profile 中出现的数据稀疏问题所采用的数据平滑技术以及对于生成排列过程中对于新的计分体系所采用的动态规划算法,并且在HOMSTRAD 数据库上进行的排列精度实验,结果证明采用profile-profile 方法并结合数据平滑和动态规划技术可以有效地提高查询序列和目标序列的排列精度关键词:蛋白质结构预测; 同源建模; 数据平滑中图分类号:O 24 文献标识码:A生物信息学作为一门新的学科,它把基因组DNA 序列分析作为源头,在获得蛋白质编码区的信息后进行蛋白质空间结构模拟和预测,然后依据特定蛋白质的功能进行必要的药物设计 因此在生物信息学的研究中,确定蛋白质序列的功能也就成为一个重要的方向 但是在目前已知的蛋白质序列数据库中,已经根据实验测出其结构和功能的蛋白质只占其中的小部分,远远无法满足实际应用的需要,于是开发自动处理未知蛋白质序列的方法成为一个越来越重要的问题1 蛋白质结构预测过程不同来源或者不同生物功能的蛋白质可能有相似的结构,通常认为序列相似意味着结构相似 因此,同源建模法[1-2]就是利用结构已知的家族成员(模板)预测新序列的结构 同源建模法一般包含以下几个步骤:第一,识别模拟的模板;第二,目标序列和模板序列的排列;第三,构建模型;第四,构建非保守的loop 区;第五,安装侧链;第六,模型修饰;第七,结构合理性评估本文重点讨论的内容是采用数据平滑技术提高目标序列和模板序列的排列精度,以及对两种数据平滑算法精度的实验数据分析2 目标序列和模板序列的排列2.1 排列过程概述在查询序列和目标序列的排列[3]这个过程中,通过局部对比排列搜索工具BLAST 获得了查询序列的模板,这里我们将要采用引入进化信息的profile-profile 方法[4]完成双序列的排列 首先,通过识别模板的过程,获得两个输出的频度profile 和对数profile;接着,在处理中运用数据平滑技术对频度profile 中出现的数据稀疏进行平滑并获得频率profile;然后,通过获得的频率profile 以及对数profile 构建新的计分体系;再者,通过带有空位罚分的动态规划算法结合所构建的计分体系获得查询序列和目标序列的排列;最后,在HOMSTRAD 数据库中,测试查询序列和目标序列的排列的精度并且做出详细的分析2.2 Profile-profile 比对方法为了提高相关联蛋白质的检测质量,对于查询序列以及模板序列引入进化信息是一种经常被应用的方法 Profile-profile 比对方法就是这样一种将序列之间的进化信息考虑在内的一种方法 在具体应用Profileprofile比对方法时,不同的profile-profile 方法的本质区别在于如何计算两个profile 位置之间的分数,其中profile 是一个向量集,每个向量包含了多序列比对中每种氨基酸在多序列比对的一个特殊位置所出现的频度2.3 数据平滑技术数据平滑技术[5]是自然语言处理中的重要方法 对于汉语统计语言模型的构造技术,其研究目的在于:2009 年9 月通过对大规模真实语料库中的词的上下文同现频度进行统计,获取词的上下文同现概率数据 对于基于词的N-gram 模型来说,根据最大似然估计原则(Maximum Likelihood Estimation),词的上下文条件概率p(wi│wi-1i-N+1)被估计为如公式(1)所示: p(wi│wi-1i-N+1)= c(wi i-N+1)wi∑wi i-N+1, (1)其中:c(wi i-N+1)表示词串wi i-N+1在训料文本T 中的出现次数基于以上数据平滑技术的介绍,并结合蛋白质结构预测中的profile-profile 方法所生成的频率profile 和对数profile,本文选择了加法数据平滑和Good-Turing 数据平滑技术2.3.1 加法平滑Lidstone,Johnson 和Jeffreys 等人提出了一种简单易行的数据平滑方法,称作加法平滑(additiveSmoothing) 它的基本思想是:为了避免零概率问题,将N-gram 模型中每个N 元对的出现次数加上一个常数δ(0<δ≤1),相应的N-gram 模型参数padd(wi│wi-1i-N+1)计算公式如(2)所示:padd(wi│wi-1i-N+1)= c(wi i-N+1)+δwi∑(wi i-N+1)+δ│V│ (2)2.3.2 数据平滑的具体应用结合蛋白质结构预测中的profile-profile 方法所生成的频率profile 和对数profile,这里主要是基于profile 中的20 个氨基酸的频度进行的,这里本文假设这20 个氨基酸之间是相互独立的 因此这里我们的模型参数空间为 并分别采用两种数据平滑将频度profile 进行平滑,而后生成我们所需要的频率2.4 动态规划技术在生物信息学中,通常使用动态规划算法来获得两个序列的比对,在这里采用带有空位罚分的动态规划算法来获取目标序列和模板序列的排列在这里我们假定采用空位罚分[6],y(g)=-d-(g-1)e,其中:d 为gap-open;e 为gap- 通常在这里e<空位罚分也对应于一个比对的概率统计模型,对于一个给定的序列,在特殊的位置出现空位的概率是空位长度的函数f(g)与所插入残基概率的乘积,如公式(3)所示:P(gap)= f(g)i in gap 仪qxi, (3)公式(4~7)有一个前提条件,就是假设空位的长度与它所包含的残基类型无关 这种情况下,当要将空位出现的概率转化为对数值进行考虑时,很显然,这里的qxi可以忽略不计,可以得出如公式(4)所示:y(g)=log(f(g)), (4)这样,空位罚分就对应于空位长度概率的对数值了,在计算空位罚分时就可以将罚分值累加求和得到总的罚分值了于是我们将有如下算法描述:M(i,j)=maxM(i-1,j-1)+s(xi,yj),Ix(i-1,j-1)+s(xi,yj),Iy(i-1,j-1)+s(xi,yj)仪仪仪仪仪仪仪仪仪仪仪仪仪;Ix(i,j)=maxM(i-1,j)-d,Ix(i-1,j)-e 仪; Iy(i,j)=maxM(i,j-1)-d,Iy(i,j-1)-e 仪;其中:xi代表查询序列中第i 个氨基酸;yj代表模板序列中第j 个氨基酸;s(xi,yj)代表序列中将查询序列中第i个氨基酸和模板序列中第j 个氨基酸相比对的分数;Ix(i,j)代表在模板序列的第j 个位置插入空位时,查询序列第i 个氨基酸和此空位相比对时两序列的最大分数值;Iy(i,j)代表在查询序列的第i 个位置插入空位时,模板序列第j 个氨基酸和此空位相比对时两序列的最大分数值;M(i,j)代表长度为i 的查询序列和长度为j 的模板序列比对的分数值2.5 实验结果为了对采用profile-profile 方法获得的目标序列和模板序列的排列结果有一个评价,本文在HOMSTRAD陈红梅等:基于同源建模的蛋白质结构预测方法的研究-1109-河南科学第27卷第9期数据库中选取了629 对蛋白质序列比对作为标准排列,将采用profile-profile 方法获得的目标序列和模板序列的排列与其进行比较获得排列的精度作为评价的指标 蛋白质序列的排列精度也就是蛋白质目标序列排列与蛋白质序列标准排列相比较,排列正确的氨基酸位置所占的百分比 如公式(5)所示:排列精度=排列正确的比对个数模板序列长度 (5)实验数据分析比较:采用加法平滑时,在其中的平滑参数δ 取值不同会得到不同的平滑效果 我分别对δ 取0.1,0.25,0.5,0.75,1 这5 个参数时进行实验,获得629 组数据,并抽取30 组数据如图1 所示通过图1 可以看出,在测试出的排列精度中,参数δ 取0.1,0.25,0.5,0.75 时,他们的精度平均值在δ 取0.1 时稍大些,而当δ 取1 时,获得的效果最好在测试出的排列精度中,加法平滑(δ 取1)时获得的效果比未平滑要稍微好一些 这说明采用的加法平滑算法(δ 取1)对于解决profile 中存在的数据稀疏问题还是有帮助作用的 在对氨基酸出现频度进行平滑时,加法平滑(δ 取1)获得的结果还是有明显的提高的3 结束语本文首先讨论了基于同源建模的蛋白质结构预测的基本方法,分析了基于同源建模的profile-profile 方法与传统方法的差别,并介绍了蛋白质结构预测在生物信息学研究中的地位与作用 随后文中依次分别介绍了模板识别、查询序列与目标序列的排列、构建模型以及结构合理性评估的方法与具体的实现过程本文重点介绍了查询序列与目标序列排列的全过程,而后分别介绍了排列过程中所用到的profile-profile方法、数据平滑技术以及排列的动态规划算法 最后介绍了排列精度的实验部分,这里分别对加法平滑取不同参数的实验数据进行了比较与分析 最终得出了在加法平滑(δ 取1)时所获得的排列精度最大参考文献:〔1〕 蒋毅恒,白焰,朱耀春,等. 基于遗传编程的智能建模方法及应用〔J〕. 微计算机信息,2008(3):150-〔2〕 Dayhoff M O,Hunt L T,Schwartz R M. Protein superfamilies〔J〕. Atlas of Protein Sequence and Structure,1978,5(3):9-〔3〕 Jason T L,wang Q,Wu H. Application of neural networks to biological data mining:a case study in protein sequence classification〔C〕//Proceedings of the Sixth ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining,Boston,2000:305-〔4〕 程凌鹏,张景强. 伊蚊C6/36 细胞浓核病毒蛋白衣壳三维结构的测定〔J〕. 中国科学:C 辑,2004,34(1):75-〔5〕 王志珍. 蛋白质折叠和分子伴侣〔J〕. 生物学通报,2004,39(5):1-〔6〕 靳利霞,唐焕文. 蛋白质结构预测方法简述〔J〕. 自然杂志,2001,23(4):217-Prediction-Methods Researqch of Protein StructureBased on Homologous ModellingChen Hongmei, Zhou Junxiang(Department of Computer Science,Shangqiu Normal College,Shangqiu,476000,Henan China)Abstract:Data smooth we use in order to solve data sparseness in profile of profile-profile method and dynamicprogramming algorithm of new scoring system in the process of alignment. And the experiment of alignmentprecision tested in database HOMSTRAD. We improve the precision of alignment between query sequence andtarget sequence effectively by profile-Key words:protein structure prediction; homologous modeling; data smoothing图1 不同参数加法平滑排列精度F1 Alignment precision of addition smoothingfor different 200 000 800 600 400 200 000 0001 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29参数取1参数取75参数取25参数取1参数取5-1110-

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论大学生独立创业精神的培养 摘 要 高素质人才应具有独立生存的自信心、不断创新的进取心、广泛关怀的责任心;具有对环境的适应能力、对文化的整合能力、为理想而奋斗的实践能力。高校应该通过坚持知识能力素质的辩证统一,突出创新能力的培养,努力提高学生的实践能力,加强学生心理素质的锻炼等措施来促进大学生独立创业精神的培养。  关键词 高等教育 创业精神 个性发展1 大学生创业精神培养的背景  我国正处在一个伟大的变革的时代,特别是在加入世界贸易组织协会以后,随着社会主义经济市场化和经济全球化的进一步推进,人们的生产生活方式、社会关系、价值观念乃至文明形态都在发生着日益深刻的变化,社会对人才的需求已经逐渐变化。如何培养和塑造能够适应这种变化并在社会变化中有所作为的人才,是当代中国高等教育改革与发展面临的重要课题。高等学校要担负起全面推进素质教育,培养高素质的创新型人才的历史使命。  创业精神是一种理念,这种理念贯穿于高等学校的课堂教学和课外活动之中,培养学生的创新意识、创造精神和创业能力,使学生毕业后大胆走向社会、自主创业。开展大学生创业教育,包括课程设置、实践活动、教学体制改革、教育评价模式的改革等。但不外乎一方面是创业思想教育,另一方面是创业技能教育。创业思想教育是创业技能教育的基础,创业思想教育包括创业意识的培养、创业动机的确立和创业心理品质的养成,目的是为了让受教育者形成正确的创业思想。开展创业思想教育,关键一点就是创业意识的培养,使学生变被动接受就业指导为教会学生主动或自主创业。既要鼓励学生敢于在新兴的领域和行业去艰苦创业,也要支持学生敢于自主创业,学会自我发展,培养学生具有创业的胆量、勇气和开拓创新精神。2 大学生独立创业精神的内涵  人才的培养受社会的经济、政治、文化的制约,在计划经济体制下,形成的“国家下达统一招生计划、统一考试招收学生、国家包上学国家包分配”的高等教育体制,大学生毕业时由国家下达统一的指令性分配计划,由各级人事部门和高校计划把毕业生分配到各用人单位,全部毕业生都有工作单位,这使毕业生和用人单位都处于被动地位,而且养成了学校到学生对国家管理机构的依附心理,随着我国社会主义市场化,逐步形成了“供需见面,双向选择”的就业模式,这种新的就业模式,使毕业生和用人单位从被服从的地位,变为就业市场中两个平等、互选的主体,双方都有自主的选择权,这就要求大学生要有更高的素质来面对选择,更强的独立创业者精神来迎接挑战。现在大学生适应社会变革所要努力培养的具有独立创业精神,其基本内涵体现在以下几方面:1 要有独立生存的自信心  有学者认为,从“学会学习”、“学会生存”到“学会关心”主题的转换,意味着当代教育的一种转型。  显然,这里所谓“生存”,不是指一个人自然生命的存在与延续,而是指具有主体意识的人独立开辟生活道路、并自主创造人生价值的能力。传统人格对国家、对社会、对家庭具有较强的人身依附性,“在家靠父母、出门靠朋友”,“工作靠国家、发展靠关系”等等就是这种依附心理的体现。而现代人格强调生命独立自主,有独立面对生活,迎接挑战的勇气和信心,其中包括在不同环境中从事不同职业、遇到各种情况时人际交往能力、应对和处理问题的能力。2 要有不断创新的进取心  抱守古训、因循成法,在传统社会中往往受到称道,而在各种变革日新月异的现代社会,它已成为社会发展与进步的障碍。“创新是一个民族的灵魂”,也是现代人的灵魂。美国之所以能在向知识经济社会迈进的过程中发挥“领头羊”的作用,与美国文化中敢冒险、寻求变革和鼓励创新的精神有关,这种精神使美国人有一种超常规探索和迎接挑战的思维定势和构架。3 要有广泛关怀的责任心  具有独立创业精神的人,不应当是信奉个人主义的自私自利者,相反,他应当具有广泛的人文关怀,充分表现出个人对社会、对国家、对他人的道义责任和法律责任,自觉履行这种责任,在社会生活中自觉把握和促进人与自然、人与社会的和谐发展。即使是在市场经济时代,真正接受过高等教育和大学文化熏陶的人,也应当超越现实功利,树立崇高的人生目标,不仅知道“何以为生”,掌握生存的知识和技能,而且更要理解“为何而生”,认识生存的意义和价值,始终坚持真、善、美的价值原则。3 大学生创业精神的特点  具有独立创业精神的高素质人才在实际行动中体现为以下主要特征:1 对环境的主动适应能力  “物竞天择,适者生存”。具有独立创业精神的现代人,必然具有较强的环境适应能力,在人与环境的互动过 程中,个体能够以前瞻性的思维与眼光做出预测与判断,并及时调整自己的人生目标和行动方案,以保持与变化着的环境的协调统一,而不是消极被动地等待和忍耐。特别是在知识经济、市场经济时代,知识技术的不断更新,职业岗位的不断转换,人际关系的不断变化,使得人们几乎始终处在一个陌生的社会环境中,这就尤其需要具备良好的自我调适能力,做到“与时俱进”,无往而不胜。2 对文化的综合能力  现代社会生活在最大程度上体现了文化的多元并存、传统文化与现代文化、东方文化与西方文化、主流文化与边缘文化等多种文化并存,使得许多人产生了深深的文化困惑,难以选择和研究个体的文化态度和生活方向。这种“文化不适应综合症”,会严重损害人的创造能力和生活信心。作为一个具有独立创业精神的现代人,必须有更加宽阔的文化视野和思维空间,在坚持正确的思想方向和科学的世界观、人生观、价值观的前提下,始终把实践主体包括个体、集体、国家和民族生存与发展的最关键问题,“以我为主”,大胆批判和选择,在此基础上,进行文化的再整合和再创造。只有这样,才能在市场化、全球化过程中辨清方向,确定目标,独立前行,开创一片新天地。3 为理想而奋斗的实践能力  中国思想史上一个重要命题是“知与行”的关系问题,近代著名教育家蔡元培明确提出“好学力行”,这在今天仍具有很强的针对性。传统高等教育的主要弊病之一就是重知轻行,片面地认为学生在大学阶段的主要任务是系统掌握各学科的理论知识,因而学生缺少必要的动手操作能力的训练。  认识世界的真理性固然重要,但问题在于改造世界。没有实践,理论上的科学构想就难以转化成现实生产力;没有实践,人生理想和价值追求永远只能是精神的“空中花园”,难以转化成现实的文化存在。因此,实践观念的有无,实践能力的强弱,对于一个现代人事业的成败至关重要。在人们不断强调“学习、学习、再学习”的同时,也有必要强调“实践、实践、再实践”。具有独立创业精神的人,尤其需要不断提高实践能力,在实践中充分展示主体的本质力量。4 大学生独立创业精神的培养途径  国际21世纪教育委员会在《教育财富蕴藏其中》的报告中认为:“教育应该促进每个人的全面发展,即身心、智力、敏感性、审美意识、个人责任感、精神价值等方面的发展,使青年学生通过大学教育能够形成独立自主、富有批判精神的思想意识,以及培养自己的判断能力,以便由他自己确定在人生的各种不同的情况下他认为该做的事。”要实现这一教育目标,在大学教育中必须做到以下几点:1 坚持知识、能力、素质的辩证统一  要培养具有独立创业者精神的新型人才,必须坚持知识、能力、素质的辩证统一。知识是能力和素质的载体,包括科学文化知识、专业基础与专业知识、相邻学科知识,目前高等学校对相邻学科知识重视不够,要区分不同科类,加强这方面的教学工作。  能力是在掌握了一定知识基础上经过培养和实践锻炼而形成的,丰富的知识可以促进能力的增强,强的能力可以促进知识的获取,能力主要包括获取知识的能力、运用知识的能力、创新能力,其中创新能力的培养是高等学校的薄弱环节。素质是指人在先天生理基础上,受后天环境教育影响,通过个体自身的认识和社会实践,养成的比较稳定的身心发展的基本品质,高的素质可以使知识和能力更好地发挥作用,促进知识和能力进一步扩展和增强。坚持知识、能力、素质的辩证统一,注重素质教育,重视创新能力的培养,才能适应21世纪经济社会发展对人才的需要。2 突出创新能力的培养  高等学校实施的素质教育的重点是培养创新人才和为经济社会服务。而对学生创新能力的培养是当前大多数高等学校的薄弱环节。因此,在深化教学改革中,必须突出对学生创新能力的培养。要尊重学生的个性发展,爱护和培养学生的好奇心、求知欲,帮助学生自主学习,独立思考,保护学生的探索精神、创新思维,营造崇尚真知,追求真理的氛围,为学生的禀赋和潜能的充分开发创造一种宽松的环境。要让学生感受、理解知识产生和发展的过程,培养学生的科学精神和创新思维。3 努力提高学生的实践能力  理论与实践的脱节,造成学生的动手能力不强是当前高等教育工作中亟待解决的一个重要问题。在高等教育中,要充分认识到学生是主体,要转变长期以来形成的由教师单向传授知识,以考试分数作为衡量教育成果的唯一标准,以及过于呆板的教育制度。创立、创建学生能进行综合动手试验的外部环境,鼓励学生利用课余时间参加一定的社会实践活动,增强学生对社会的了解并进而加强对社会的适应能力。21世纪是信息的时代,要重视和加强培养学生收集处理信息的能力、获取新知识的能力、分析问题和解决问题的能力。4 加强学生心理素质的锻炼  依据大学生的心理特点,有针对性地讲授心理健康知识,开展辅导或咨询活动,帮助大学生树立心理健康意识,优化心理素质,增强心理调适能力和社会生活的适应能力,预防和缓解心理问题。帮助他们处理好环境适应、自我管理、学习成才、人际交往、交友恋爱、求职择业、人格发展和情绪调节等方面的困惑,提高健康水平,促进德智体美等全面发展。主要是宣传普及心理健康知识,使大学生认识自身,了解心理健康对成才的重要意义,树立心理健康意识,介绍增进心理健康的途径,使大学生学会自我心理调适,有效消除心理困惑,自觉培养坚忍不拔的意志品质和艰苦奋斗的精神,提高承受和应对挫折的能力。  总之,独立创业精神的培养既取决于客观条件的许可,更依赖于学生主观的努力,作为学校要营造有利于人才脱颖而出的氛围,积极培养学生的独立创业者精神,为培养现时代社会所需要的人才而努力。参考文献1 谢志远大学生创业教育与创业精神的培育[J]船山学刊,2004(3)2 谢相勋.论培养学生独立创业精神的现代人格──高等教育面向21世纪的重要使命[J].乐山师范高等专科学校学报,200043 雷卫平浅议高校学生工作中的人本思想[J]科技创业月刊,2005(7)4 贾文华.试论大学生创业精神与创业能力的培养[J].商丘师范学院学报,20063

咱们是一个系的,我是10级经济学的,商丘师院经管系教学水平很一般,好多科目的老师只是助教,考研率也是全校的后几名。再说一下整个学校,学习风气很差,平时都不怎么学习,只有到期末的时候教室、自习室才爆满,学校也没有给学生创造一个好的环境,图书馆开门晚关门早想学习都找不到合适的地方,图书馆六楼的考研自习室座位都是被占了的,主人没去的时候你可以坐坐,人家去了你就得挪位置了,其他的就没有专供学习的自习室了,经管系的教学楼没有通暖气,冬天很冷。还有什么需要问的您在具体说

商丘师范学院论文格式要求是多少字

基于同源建模的蛋白质结构预测方法的研究陈红梅, 周俊祥(商丘师范学院计算机科学系,河南商丘476000)摘要:针对profile-profile 方法中profile 中出现的数据稀疏问题所采用的数据平滑技术以及对于生成排列过程中对于新的计分体系所采用的动态规划算法,并且在HOMSTRAD 数据库上进行的排列精度实验,结果证明采用profile-profile 方法并结合数据平滑和动态规划技术可以有效地提高查询序列和目标序列的排列精度关键词:蛋白质结构预测; 同源建模; 数据平滑中图分类号:O 24 文献标识码:A生物信息学作为一门新的学科,它把基因组DNA 序列分析作为源头,在获得蛋白质编码区的信息后进行蛋白质空间结构模拟和预测,然后依据特定蛋白质的功能进行必要的药物设计 因此在生物信息学的研究中,确定蛋白质序列的功能也就成为一个重要的方向 但是在目前已知的蛋白质序列数据库中,已经根据实验测出其结构和功能的蛋白质只占其中的小部分,远远无法满足实际应用的需要,于是开发自动处理未知蛋白质序列的方法成为一个越来越重要的问题1 蛋白质结构预测过程不同来源或者不同生物功能的蛋白质可能有相似的结构,通常认为序列相似意味着结构相似 因此,同源建模法[1-2]就是利用结构已知的家族成员(模板)预测新序列的结构 同源建模法一般包含以下几个步骤:第一,识别模拟的模板;第二,目标序列和模板序列的排列;第三,构建模型;第四,构建非保守的loop 区;第五,安装侧链;第六,模型修饰;第七,结构合理性评估本文重点讨论的内容是采用数据平滑技术提高目标序列和模板序列的排列精度,以及对两种数据平滑算法精度的实验数据分析2 目标序列和模板序列的排列2.1 排列过程概述在查询序列和目标序列的排列[3]这个过程中,通过局部对比排列搜索工具BLAST 获得了查询序列的模板,这里我们将要采用引入进化信息的profile-profile 方法[4]完成双序列的排列 首先,通过识别模板的过程,获得两个输出的频度profile 和对数profile;接着,在处理中运用数据平滑技术对频度profile 中出现的数据稀疏进行平滑并获得频率profile;然后,通过获得的频率profile 以及对数profile 构建新的计分体系;再者,通过带有空位罚分的动态规划算法结合所构建的计分体系获得查询序列和目标序列的排列;最后,在HOMSTRAD 数据库中,测试查询序列和目标序列的排列的精度并且做出详细的分析2.2 Profile-profile 比对方法为了提高相关联蛋白质的检测质量,对于查询序列以及模板序列引入进化信息是一种经常被应用的方法 Profile-profile 比对方法就是这样一种将序列之间的进化信息考虑在内的一种方法 在具体应用Profileprofile比对方法时,不同的profile-profile 方法的本质区别在于如何计算两个profile 位置之间的分数,其中profile 是一个向量集,每个向量包含了多序列比对中每种氨基酸在多序列比对的一个特殊位置所出现的频度2.3 数据平滑技术数据平滑技术[5]是自然语言处理中的重要方法 对于汉语统计语言模型的构造技术,其研究目的在于:2009 年9 月通过对大规模真实语料库中的词的上下文同现频度进行统计,获取词的上下文同现概率数据 对于基于词的N-gram 模型来说,根据最大似然估计原则(Maximum Likelihood Estimation),词的上下文条件概率p(wi│wi-1i-N+1)被估计为如公式(1)所示: p(wi│wi-1i-N+1)= c(wi i-N+1)wi∑wi i-N+1, (1)其中:c(wi i-N+1)表示词串wi i-N+1在训料文本T 中的出现次数基于以上数据平滑技术的介绍,并结合蛋白质结构预测中的profile-profile 方法所生成的频率profile 和对数profile,本文选择了加法数据平滑和Good-Turing 数据平滑技术2.3.1 加法平滑Lidstone,Johnson 和Jeffreys 等人提出了一种简单易行的数据平滑方法,称作加法平滑(additiveSmoothing) 它的基本思想是:为了避免零概率问题,将N-gram 模型中每个N 元对的出现次数加上一个常数δ(0<δ≤1),相应的N-gram 模型参数padd(wi│wi-1i-N+1)计算公式如(2)所示:padd(wi│wi-1i-N+1)= c(wi i-N+1)+δwi∑(wi i-N+1)+δ│V│ (2)2.3.2 数据平滑的具体应用结合蛋白质结构预测中的profile-profile 方法所生成的频率profile 和对数profile,这里主要是基于profile 中的20 个氨基酸的频度进行的,这里本文假设这20 个氨基酸之间是相互独立的 因此这里我们的模型参数空间为 并分别采用两种数据平滑将频度profile 进行平滑,而后生成我们所需要的频率2.4 动态规划技术在生物信息学中,通常使用动态规划算法来获得两个序列的比对,在这里采用带有空位罚分的动态规划算法来获取目标序列和模板序列的排列在这里我们假定采用空位罚分[6],y(g)=-d-(g-1)e,其中:d 为gap-open;e 为gap- 通常在这里e<空位罚分也对应于一个比对的概率统计模型,对于一个给定的序列,在特殊的位置出现空位的概率是空位长度的函数f(g)与所插入残基概率的乘积,如公式(3)所示:P(gap)= f(g)i in gap 仪qxi, (3)公式(4~7)有一个前提条件,就是假设空位的长度与它所包含的残基类型无关 这种情况下,当要将空位出现的概率转化为对数值进行考虑时,很显然,这里的qxi可以忽略不计,可以得出如公式(4)所示:y(g)=log(f(g)), (4)这样,空位罚分就对应于空位长度概率的对数值了,在计算空位罚分时就可以将罚分值累加求和得到总的罚分值了于是我们将有如下算法描述:M(i,j)=maxM(i-1,j-1)+s(xi,yj),Ix(i-1,j-1)+s(xi,yj),Iy(i-1,j-1)+s(xi,yj)仪仪仪仪仪仪仪仪仪仪仪仪仪;Ix(i,j)=maxM(i-1,j)-d,Ix(i-1,j)-e 仪; Iy(i,j)=maxM(i,j-1)-d,Iy(i,j-1)-e 仪;其中:xi代表查询序列中第i 个氨基酸;yj代表模板序列中第j 个氨基酸;s(xi,yj)代表序列中将查询序列中第i个氨基酸和模板序列中第j 个氨基酸相比对的分数;Ix(i,j)代表在模板序列的第j 个位置插入空位时,查询序列第i 个氨基酸和此空位相比对时两序列的最大分数值;Iy(i,j)代表在查询序列的第i 个位置插入空位时,模板序列第j 个氨基酸和此空位相比对时两序列的最大分数值;M(i,j)代表长度为i 的查询序列和长度为j 的模板序列比对的分数值2.5 实验结果为了对采用profile-profile 方法获得的目标序列和模板序列的排列结果有一个评价,本文在HOMSTRAD陈红梅等:基于同源建模的蛋白质结构预测方法的研究-1109-河南科学第27卷第9期数据库中选取了629 对蛋白质序列比对作为标准排列,将采用profile-profile 方法获得的目标序列和模板序列的排列与其进行比较获得排列的精度作为评价的指标 蛋白质序列的排列精度也就是蛋白质目标序列排列与蛋白质序列标准排列相比较,排列正确的氨基酸位置所占的百分比 如公式(5)所示:排列精度=排列正确的比对个数模板序列长度 (5)实验数据分析比较:采用加法平滑时,在其中的平滑参数δ 取值不同会得到不同的平滑效果 我分别对δ 取0.1,0.25,0.5,0.75,1 这5 个参数时进行实验,获得629 组数据,并抽取30 组数据如图1 所示通过图1 可以看出,在测试出的排列精度中,参数δ 取0.1,0.25,0.5,0.75 时,他们的精度平均值在δ 取0.1 时稍大些,而当δ 取1 时,获得的效果最好在测试出的排列精度中,加法平滑(δ 取1)时获得的效果比未平滑要稍微好一些 这说明采用的加法平滑算法(δ 取1)对于解决profile 中存在的数据稀疏问题还是有帮助作用的 在对氨基酸出现频度进行平滑时,加法平滑(δ 取1)获得的结果还是有明显的提高的3 结束语本文首先讨论了基于同源建模的蛋白质结构预测的基本方法,分析了基于同源建模的profile-profile 方法与传统方法的差别,并介绍了蛋白质结构预测在生物信息学研究中的地位与作用 随后文中依次分别介绍了模板识别、查询序列与目标序列的排列、构建模型以及结构合理性评估的方法与具体的实现过程本文重点介绍了查询序列与目标序列排列的全过程,而后分别介绍了排列过程中所用到的profile-profile方法、数据平滑技术以及排列的动态规划算法 最后介绍了排列精度的实验部分,这里分别对加法平滑取不同参数的实验数据进行了比较与分析 最终得出了在加法平滑(δ 取1)时所获得的排列精度最大参考文献:〔1〕 蒋毅恒,白焰,朱耀春,等. 基于遗传编程的智能建模方法及应用〔J〕. 微计算机信息,2008(3):150-〔2〕 Dayhoff M O,Hunt L T,Schwartz R M. Protein superfamilies〔J〕. Atlas of Protein Sequence and Structure,1978,5(3):9-〔3〕 Jason T L,wang Q,Wu H. Application of neural networks to biological data mining:a case study in protein sequence classification〔C〕//Proceedings of the Sixth ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining,Boston,2000:305-〔4〕 程凌鹏,张景强. 伊蚊C6/36 细胞浓核病毒蛋白衣壳三维结构的测定〔J〕. 中国科学:C 辑,2004,34(1):75-〔5〕 王志珍. 蛋白质折叠和分子伴侣〔J〕. 生物学通报,2004,39(5):1-〔6〕 靳利霞,唐焕文. 蛋白质结构预测方法简述〔J〕. 自然杂志,2001,23(4):217-Prediction-Methods Researqch of Protein StructureBased on Homologous ModellingChen Hongmei, Zhou Junxiang(Department of Computer Science,Shangqiu Normal College,Shangqiu,476000,Henan China)Abstract:Data smooth we use in order to solve data sparseness in profile of profile-profile method and dynamicprogramming algorithm of new scoring system in the process of alignment. And the experiment of alignmentprecision tested in database HOMSTRAD. We improve the precision of alignment between query sequence andtarget sequence effectively by profile-Key words:protein structure prediction; homologous modeling; data smoothing图1 不同参数加法平滑排列精度F1 Alignment precision of addition smoothingfor different 200 000 800 600 400 200 000 0001 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29参数取1参数取75参数取25参数取1参数取5-1110-

论大学生独立创业精神的培养 摘 要 高素质人才应具有独立生存的自信心、不断创新的进取心、广泛关怀的责任心;具有对环境的适应能力、对文化的整合能力、为理想而奋斗的实践能力。高校应该通过坚持知识能力素质的辩证统一,突出创新能力的培养,努力提高学生的实践能力,加强学生心理素质的锻炼等措施来促进大学生独立创业精神的培养。  关键词 高等教育 创业精神 个性发展1 大学生创业精神培养的背景  我国正处在一个伟大的变革的时代,特别是在加入世界贸易组织协会以后,随着社会主义经济市场化和经济全球化的进一步推进,人们的生产生活方式、社会关系、价值观念乃至文明形态都在发生着日益深刻的变化,社会对人才的需求已经逐渐变化。如何培养和塑造能够适应这种变化并在社会变化中有所作为的人才,是当代中国高等教育改革与发展面临的重要课题。高等学校要担负起全面推进素质教育,培养高素质的创新型人才的历史使命。  创业精神是一种理念,这种理念贯穿于高等学校的课堂教学和课外活动之中,培养学生的创新意识、创造精神和创业能力,使学生毕业后大胆走向社会、自主创业。开展大学生创业教育,包括课程设置、实践活动、教学体制改革、教育评价模式的改革等。但不外乎一方面是创业思想教育,另一方面是创业技能教育。创业思想教育是创业技能教育的基础,创业思想教育包括创业意识的培养、创业动机的确立和创业心理品质的养成,目的是为了让受教育者形成正确的创业思想。开展创业思想教育,关键一点就是创业意识的培养,使学生变被动接受就业指导为教会学生主动或自主创业。既要鼓励学生敢于在新兴的领域和行业去艰苦创业,也要支持学生敢于自主创业,学会自我发展,培养学生具有创业的胆量、勇气和开拓创新精神。2 大学生独立创业精神的内涵  人才的培养受社会的经济、政治、文化的制约,在计划经济体制下,形成的“国家下达统一招生计划、统一考试招收学生、国家包上学国家包分配”的高等教育体制,大学生毕业时由国家下达统一的指令性分配计划,由各级人事部门和高校计划把毕业生分配到各用人单位,全部毕业生都有工作单位,这使毕业生和用人单位都处于被动地位,而且养成了学校到学生对国家管理机构的依附心理,随着我国社会主义市场化,逐步形成了“供需见面,双向选择”的就业模式,这种新的就业模式,使毕业生和用人单位从被服从的地位,变为就业市场中两个平等、互选的主体,双方都有自主的选择权,这就要求大学生要有更高的素质来面对选择,更强的独立创业者精神来迎接挑战。现在大学生适应社会变革所要努力培养的具有独立创业精神,其基本内涵体现在以下几方面:1 要有独立生存的自信心  有学者认为,从“学会学习”、“学会生存”到“学会关心”主题的转换,意味着当代教育的一种转型。  显然,这里所谓“生存”,不是指一个人自然生命的存在与延续,而是指具有主体意识的人独立开辟生活道路、并自主创造人生价值的能力。传统人格对国家、对社会、对家庭具有较强的人身依附性,“在家靠父母、出门靠朋友”,“工作靠国家、发展靠关系”等等就是这种依附心理的体现。而现代人格强调生命独立自主,有独立面对生活,迎接挑战的勇气和信心,其中包括在不同环境中从事不同职业、遇到各种情况时人际交往能力、应对和处理问题的能力。2 要有不断创新的进取心  抱守古训、因循成法,在传统社会中往往受到称道,而在各种变革日新月异的现代社会,它已成为社会发展与进步的障碍。“创新是一个民族的灵魂”,也是现代人的灵魂。美国之所以能在向知识经济社会迈进的过程中发挥“领头羊”的作用,与美国文化中敢冒险、寻求变革和鼓励创新的精神有关,这种精神使美国人有一种超常规探索和迎接挑战的思维定势和构架。3 要有广泛关怀的责任心  具有独立创业精神的人,不应当是信奉个人主义的自私自利者,相反,他应当具有广泛的人文关怀,充分表现出个人对社会、对国家、对他人的道义责任和法律责任,自觉履行这种责任,在社会生活中自觉把握和促进人与自然、人与社会的和谐发展。即使是在市场经济时代,真正接受过高等教育和大学文化熏陶的人,也应当超越现实功利,树立崇高的人生目标,不仅知道“何以为生”,掌握生存的知识和技能,而且更要理解“为何而生”,认识生存的意义和价值,始终坚持真、善、美的价值原则。3 大学生创业精神的特点  具有独立创业精神的高素质人才在实际行动中体现为以下主要特征:1 对环境的主动适应能力  “物竞天择,适者生存”。具有独立创业精神的现代人,必然具有较强的环境适应能力,在人与环境的互动过 程中,个体能够以前瞻性的思维与眼光做出预测与判断,并及时调整自己的人生目标和行动方案,以保持与变化着的环境的协调统一,而不是消极被动地等待和忍耐。特别是在知识经济、市场经济时代,知识技术的不断更新,职业岗位的不断转换,人际关系的不断变化,使得人们几乎始终处在一个陌生的社会环境中,这就尤其需要具备良好的自我调适能力,做到“与时俱进”,无往而不胜。2 对文化的综合能力  现代社会生活在最大程度上体现了文化的多元并存、传统文化与现代文化、东方文化与西方文化、主流文化与边缘文化等多种文化并存,使得许多人产生了深深的文化困惑,难以选择和研究个体的文化态度和生活方向。这种“文化不适应综合症”,会严重损害人的创造能力和生活信心。作为一个具有独立创业精神的现代人,必须有更加宽阔的文化视野和思维空间,在坚持正确的思想方向和科学的世界观、人生观、价值观的前提下,始终把实践主体包括个体、集体、国家和民族生存与发展的最关键问题,“以我为主”,大胆批判和选择,在此基础上,进行文化的再整合和再创造。只有这样,才能在市场化、全球化过程中辨清方向,确定目标,独立前行,开创一片新天地。3 为理想而奋斗的实践能力  中国思想史上一个重要命题是“知与行”的关系问题,近代著名教育家蔡元培明确提出“好学力行”,这在今天仍具有很强的针对性。传统高等教育的主要弊病之一就是重知轻行,片面地认为学生在大学阶段的主要任务是系统掌握各学科的理论知识,因而学生缺少必要的动手操作能力的训练。  认识世界的真理性固然重要,但问题在于改造世界。没有实践,理论上的科学构想就难以转化成现实生产力;没有实践,人生理想和价值追求永远只能是精神的“空中花园”,难以转化成现实的文化存在。因此,实践观念的有无,实践能力的强弱,对于一个现代人事业的成败至关重要。在人们不断强调“学习、学习、再学习”的同时,也有必要强调“实践、实践、再实践”。具有独立创业精神的人,尤其需要不断提高实践能力,在实践中充分展示主体的本质力量。4 大学生独立创业精神的培养途径  国际21世纪教育委员会在《教育财富蕴藏其中》的报告中认为:“教育应该促进每个人的全面发展,即身心、智力、敏感性、审美意识、个人责任感、精神价值等方面的发展,使青年学生通过大学教育能够形成独立自主、富有批判精神的思想意识,以及培养自己的判断能力,以便由他自己确定在人生的各种不同的情况下他认为该做的事。”要实现这一教育目标,在大学教育中必须做到以下几点:1 坚持知识、能力、素质的辩证统一  要培养具有独立创业者精神的新型人才,必须坚持知识、能力、素质的辩证统一。知识是能力和素质的载体,包括科学文化知识、专业基础与专业知识、相邻学科知识,目前高等学校对相邻学科知识重视不够,要区分不同科类,加强这方面的教学工作。  能力是在掌握了一定知识基础上经过培养和实践锻炼而形成的,丰富的知识可以促进能力的增强,强的能力可以促进知识的获取,能力主要包括获取知识的能力、运用知识的能力、创新能力,其中创新能力的培养是高等学校的薄弱环节。素质是指人在先天生理基础上,受后天环境教育影响,通过个体自身的认识和社会实践,养成的比较稳定的身心发展的基本品质,高的素质可以使知识和能力更好地发挥作用,促进知识和能力进一步扩展和增强。坚持知识、能力、素质的辩证统一,注重素质教育,重视创新能力的培养,才能适应21世纪经济社会发展对人才的需要。2 突出创新能力的培养  高等学校实施的素质教育的重点是培养创新人才和为经济社会服务。而对学生创新能力的培养是当前大多数高等学校的薄弱环节。因此,在深化教学改革中,必须突出对学生创新能力的培养。要尊重学生的个性发展,爱护和培养学生的好奇心、求知欲,帮助学生自主学习,独立思考,保护学生的探索精神、创新思维,营造崇尚真知,追求真理的氛围,为学生的禀赋和潜能的充分开发创造一种宽松的环境。要让学生感受、理解知识产生和发展的过程,培养学生的科学精神和创新思维。3 努力提高学生的实践能力  理论与实践的脱节,造成学生的动手能力不强是当前高等教育工作中亟待解决的一个重要问题。在高等教育中,要充分认识到学生是主体,要转变长期以来形成的由教师单向传授知识,以考试分数作为衡量教育成果的唯一标准,以及过于呆板的教育制度。创立、创建学生能进行综合动手试验的外部环境,鼓励学生利用课余时间参加一定的社会实践活动,增强学生对社会的了解并进而加强对社会的适应能力。21世纪是信息的时代,要重视和加强培养学生收集处理信息的能力、获取新知识的能力、分析问题和解决问题的能力。4 加强学生心理素质的锻炼  依据大学生的心理特点,有针对性地讲授心理健康知识,开展辅导或咨询活动,帮助大学生树立心理健康意识,优化心理素质,增强心理调适能力和社会生活的适应能力,预防和缓解心理问题。帮助他们处理好环境适应、自我管理、学习成才、人际交往、交友恋爱、求职择业、人格发展和情绪调节等方面的困惑,提高健康水平,促进德智体美等全面发展。主要是宣传普及心理健康知识,使大学生认识自身,了解心理健康对成才的重要意义,树立心理健康意识,介绍增进心理健康的途径,使大学生学会自我心理调适,有效消除心理困惑,自觉培养坚忍不拔的意志品质和艰苦奋斗的精神,提高承受和应对挫折的能力。  总之,独立创业精神的培养既取决于客观条件的许可,更依赖于学生主观的努力,作为学校要营造有利于人才脱颖而出的氛围,积极培养学生的独立创业者精神,为培养现时代社会所需要的人才而努力。参考文献1 谢志远大学生创业教育与创业精神的培育[J]船山学刊,2004(3)2 谢相勋.论培养学生独立创业精神的现代人格──高等教育面向21世纪的重要使命[J].乐山师范高等专科学校学报,200043 雷卫平浅议高校学生工作中的人本思想[J]科技创业月刊,2005(7)4 贾文华.试论大学生创业精神与创业能力的培养[J].商丘师范学院学报,20063

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基于同源建模的蛋白质结构预测方法的研究陈红梅, 周俊祥(商丘师范学院计算机科学系,河南商丘476000)摘要:针对profile-profile 方法中profile 中出现的数据稀疏问题所采用的数据平滑技术以及对于生成排列过程中对于新的计分体系所采用的动态规划算法,并且在HOMSTRAD 数据库上进行的排列精度实验,结果证明采用profile-profile 方法并结合数据平滑和动态规划技术可以有效地提高查询序列和目标序列的排列精度关键词:蛋白质结构预测; 同源建模; 数据平滑中图分类号:O 24 文献标识码:A生物信息学作为一门新的学科,它把基因组DNA 序列分析作为源头,在获得蛋白质编码区的信息后进行蛋白质空间结构模拟和预测,然后依据特定蛋白质的功能进行必要的药物设计 因此在生物信息学的研究中,确定蛋白质序列的功能也就成为一个重要的方向 但是在目前已知的蛋白质序列数据库中,已经根据实验测出其结构和功能的蛋白质只占其中的小部分,远远无法满足实际应用的需要,于是开发自动处理未知蛋白质序列的方法成为一个越来越重要的问题1 蛋白质结构预测过程不同来源或者不同生物功能的蛋白质可能有相似的结构,通常认为序列相似意味着结构相似 因此,同源建模法[1-2]就是利用结构已知的家族成员(模板)预测新序列的结构 同源建模法一般包含以下几个步骤:第一,识别模拟的模板;第二,目标序列和模板序列的排列;第三,构建模型;第四,构建非保守的loop 区;第五,安装侧链;第六,模型修饰;第七,结构合理性评估本文重点讨论的内容是采用数据平滑技术提高目标序列和模板序列的排列精度,以及对两种数据平滑算法精度的实验数据分析2 目标序列和模板序列的排列2.1 排列过程概述在查询序列和目标序列的排列[3]这个过程中,通过局部对比排列搜索工具BLAST 获得了查询序列的模板,这里我们将要采用引入进化信息的profile-profile 方法[4]完成双序列的排列 首先,通过识别模板的过程,获得两个输出的频度profile 和对数profile;接着,在处理中运用数据平滑技术对频度profile 中出现的数据稀疏进行平滑并获得频率profile;然后,通过获得的频率profile 以及对数profile 构建新的计分体系;再者,通过带有空位罚分的动态规划算法结合所构建的计分体系获得查询序列和目标序列的排列;最后,在HOMSTRAD 数据库中,测试查询序列和目标序列的排列的精度并且做出详细的分析2.2 Profile-profile 比对方法为了提高相关联蛋白质的检测质量,对于查询序列以及模板序列引入进化信息是一种经常被应用的方法 Profile-profile 比对方法就是这样一种将序列之间的进化信息考虑在内的一种方法 在具体应用Profileprofile比对方法时,不同的profile-profile 方法的本质区别在于如何计算两个profile 位置之间的分数,其中profile 是一个向量集,每个向量包含了多序列比对中每种氨基酸在多序列比对的一个特殊位置所出现的频度2.3 数据平滑技术数据平滑技术[5]是自然语言处理中的重要方法 对于汉语统计语言模型的构造技术,其研究目的在于:2009 年9 月通过对大规模真实语料库中的词的上下文同现频度进行统计,获取词的上下文同现概率数据 对于基于词的N-gram 模型来说,根据最大似然估计原则(Maximum Likelihood Estimation),词的上下文条件概率p(wi│wi-1i-N+1)被估计为如公式(1)所示: p(wi│wi-1i-N+1)= c(wi i-N+1)wi∑wi i-N+1, (1)其中:c(wi i-N+1)表示词串wi i-N+1在训料文本T 中的出现次数基于以上数据平滑技术的介绍,并结合蛋白质结构预测中的profile-profile 方法所生成的频率profile 和对数profile,本文选择了加法数据平滑和Good-Turing 数据平滑技术2.3.1 加法平滑Lidstone,Johnson 和Jeffreys 等人提出了一种简单易行的数据平滑方法,称作加法平滑(additiveSmoothing) 它的基本思想是:为了避免零概率问题,将N-gram 模型中每个N 元对的出现次数加上一个常数δ(0<δ≤1),相应的N-gram 模型参数padd(wi│wi-1i-N+1)计算公式如(2)所示:padd(wi│wi-1i-N+1)= c(wi i-N+1)+δwi∑(wi i-N+1)+δ│V│ (2)2.3.2 数据平滑的具体应用结合蛋白质结构预测中的profile-profile 方法所生成的频率profile 和对数profile,这里主要是基于profile 中的20 个氨基酸的频度进行的,这里本文假设这20 个氨基酸之间是相互独立的 因此这里我们的模型参数空间为 并分别采用两种数据平滑将频度profile 进行平滑,而后生成我们所需要的频率2.4 动态规划技术在生物信息学中,通常使用动态规划算法来获得两个序列的比对,在这里采用带有空位罚分的动态规划算法来获取目标序列和模板序列的排列在这里我们假定采用空位罚分[6],y(g)=-d-(g-1)e,其中:d 为gap-open;e 为gap- 通常在这里e<空位罚分也对应于一个比对的概率统计模型,对于一个给定的序列,在特殊的位置出现空位的概率是空位长度的函数f(g)与所插入残基概率的乘积,如公式(3)所示:P(gap)= f(g)i in gap 仪qxi, (3)公式(4~7)有一个前提条件,就是假设空位的长度与它所包含的残基类型无关 这种情况下,当要将空位出现的概率转化为对数值进行考虑时,很显然,这里的qxi可以忽略不计,可以得出如公式(4)所示:y(g)=log(f(g)), (4)这样,空位罚分就对应于空位长度概率的对数值了,在计算空位罚分时就可以将罚分值累加求和得到总的罚分值了于是我们将有如下算法描述:M(i,j)=maxM(i-1,j-1)+s(xi,yj),Ix(i-1,j-1)+s(xi,yj),Iy(i-1,j-1)+s(xi,yj)仪仪仪仪仪仪仪仪仪仪仪仪仪;Ix(i,j)=maxM(i-1,j)-d,Ix(i-1,j)-e 仪; Iy(i,j)=maxM(i,j-1)-d,Iy(i,j-1)-e 仪;其中:xi代表查询序列中第i 个氨基酸;yj代表模板序列中第j 个氨基酸;s(xi,yj)代表序列中将查询序列中第i个氨基酸和模板序列中第j 个氨基酸相比对的分数;Ix(i,j)代表在模板序列的第j 个位置插入空位时,查询序列第i 个氨基酸和此空位相比对时两序列的最大分数值;Iy(i,j)代表在查询序列的第i 个位置插入空位时,模板序列第j 个氨基酸和此空位相比对时两序列的最大分数值;M(i,j)代表长度为i 的查询序列和长度为j 的模板序列比对的分数值2.5 实验结果为了对采用profile-profile 方法获得的目标序列和模板序列的排列结果有一个评价,本文在HOMSTRAD陈红梅等:基于同源建模的蛋白质结构预测方法的研究-1109-河南科学第27卷第9期数据库中选取了629 对蛋白质序列比对作为标准排列,将采用profile-profile 方法获得的目标序列和模板序列的排列与其进行比较获得排列的精度作为评价的指标 蛋白质序列的排列精度也就是蛋白质目标序列排列与蛋白质序列标准排列相比较,排列正确的氨基酸位置所占的百分比 如公式(5)所示:排列精度=排列正确的比对个数模板序列长度 (5)实验数据分析比较:采用加法平滑时,在其中的平滑参数δ 取值不同会得到不同的平滑效果 我分别对δ 取0.1,0.25,0.5,0.75,1 这5 个参数时进行实验,获得629 组数据,并抽取30 组数据如图1 所示通过图1 可以看出,在测试出的排列精度中,参数δ 取0.1,0.25,0.5,0.75 时,他们的精度平均值在δ 取0.1 时稍大些,而当δ 取1 时,获得的效果最好在测试出的排列精度中,加法平滑(δ 取1)时获得的效果比未平滑要稍微好一些 这说明采用的加法平滑算法(δ 取1)对于解决profile 中存在的数据稀疏问题还是有帮助作用的 在对氨基酸出现频度进行平滑时,加法平滑(δ 取1)获得的结果还是有明显的提高的3 结束语本文首先讨论了基于同源建模的蛋白质结构预测的基本方法,分析了基于同源建模的profile-profile 方法与传统方法的差别,并介绍了蛋白质结构预测在生物信息学研究中的地位与作用 随后文中依次分别介绍了模板识别、查询序列与目标序列的排列、构建模型以及结构合理性评估的方法与具体的实现过程本文重点介绍了查询序列与目标序列排列的全过程,而后分别介绍了排列过程中所用到的profile-profile方法、数据平滑技术以及排列的动态规划算法 最后介绍了排列精度的实验部分,这里分别对加法平滑取不同参数的实验数据进行了比较与分析 最终得出了在加法平滑(δ 取1)时所获得的排列精度最大参考文献:〔1〕 蒋毅恒,白焰,朱耀春,等. 基于遗传编程的智能建模方法及应用〔J〕. 微计算机信息,2008(3):150-〔2〕 Dayhoff M O,Hunt L T,Schwartz R M. Protein superfamilies〔J〕. Atlas of Protein Sequence and Structure,1978,5(3):9-〔3〕 Jason T L,wang Q,Wu H. Application of neural networks to biological data mining:a case study in protein sequence classification〔C〕//Proceedings of the Sixth ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining,Boston,2000:305-〔4〕 程凌鹏,张景强. 伊蚊C6/36 细胞浓核病毒蛋白衣壳三维结构的测定〔J〕. 中国科学:C 辑,2004,34(1):75-〔5〕 王志珍. 蛋白质折叠和分子伴侣〔J〕. 生物学通报,2004,39(5):1-〔6〕 靳利霞,唐焕文. 蛋白质结构预测方法简述〔J〕. 自然杂志,2001,23(4):217-Prediction-Methods Researqch of Protein StructureBased on Homologous ModellingChen Hongmei, Zhou Junxiang(Department of Computer Science,Shangqiu Normal College,Shangqiu,476000,Henan China)Abstract:Data smooth we use in order to solve data sparseness in profile of profile-profile method and dynamicprogramming algorithm of new scoring system in the process of alignment. And the experiment of alignmentprecision tested in database HOMSTRAD. We improve the precision of alignment between query sequence andtarget sequence effectively by profile-Key words:protein structure prediction; homologous modeling; data smoothing图1 不同参数加法平滑排列精度F1 Alignment precision of addition smoothingfor different 200 000 800 600 400 200 000 0001 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29参数取1参数取75参数取25参数取1参数取5-1110-

论大学生独立创业精神的培养 摘 要 高素质人才应具有独立生存的自信心、不断创新的进取心、广泛关怀的责任心;具有对环境的适应能力、对文化的整合能力、为理想而奋斗的实践能力。高校应该通过坚持知识能力素质的辩证统一,突出创新能力的培养,努力提高学生的实践能力,加强学生心理素质的锻炼等措施来促进大学生独立创业精神的培养。  关键词 高等教育 创业精神 个性发展1 大学生创业精神培养的背景  我国正处在一个伟大的变革的时代,特别是在加入世界贸易组织协会以后,随着社会主义经济市场化和经济全球化的进一步推进,人们的生产生活方式、社会关系、价值观念乃至文明形态都在发生着日益深刻的变化,社会对人才的需求已经逐渐变化。如何培养和塑造能够适应这种变化并在社会变化中有所作为的人才,是当代中国高等教育改革与发展面临的重要课题。高等学校要担负起全面推进素质教育,培养高素质的创新型人才的历史使命。  创业精神是一种理念,这种理念贯穿于高等学校的课堂教学和课外活动之中,培养学生的创新意识、创造精神和创业能力,使学生毕业后大胆走向社会、自主创业。开展大学生创业教育,包括课程设置、实践活动、教学体制改革、教育评价模式的改革等。但不外乎一方面是创业思想教育,另一方面是创业技能教育。创业思想教育是创业技能教育的基础,创业思想教育包括创业意识的培养、创业动机的确立和创业心理品质的养成,目的是为了让受教育者形成正确的创业思想。开展创业思想教育,关键一点就是创业意识的培养,使学生变被动接受就业指导为教会学生主动或自主创业。既要鼓励学生敢于在新兴的领域和行业去艰苦创业,也要支持学生敢于自主创业,学会自我发展,培养学生具有创业的胆量、勇气和开拓创新精神。2 大学生独立创业精神的内涵  人才的培养受社会的经济、政治、文化的制约,在计划经济体制下,形成的“国家下达统一招生计划、统一考试招收学生、国家包上学国家包分配”的高等教育体制,大学生毕业时由国家下达统一的指令性分配计划,由各级人事部门和高校计划把毕业生分配到各用人单位,全部毕业生都有工作单位,这使毕业生和用人单位都处于被动地位,而且养成了学校到学生对国家管理机构的依附心理,随着我国社会主义市场化,逐步形成了“供需见面,双向选择”的就业模式,这种新的就业模式,使毕业生和用人单位从被服从的地位,变为就业市场中两个平等、互选的主体,双方都有自主的选择权,这就要求大学生要有更高的素质来面对选择,更强的独立创业者精神来迎接挑战。现在大学生适应社会变革所要努力培养的具有独立创业精神,其基本内涵体现在以下几方面:1 要有独立生存的自信心  有学者认为,从“学会学习”、“学会生存”到“学会关心”主题的转换,意味着当代教育的一种转型。  显然,这里所谓“生存”,不是指一个人自然生命的存在与延续,而是指具有主体意识的人独立开辟生活道路、并自主创造人生价值的能力。传统人格对国家、对社会、对家庭具有较强的人身依附性,“在家靠父母、出门靠朋友”,“工作靠国家、发展靠关系”等等就是这种依附心理的体现。而现代人格强调生命独立自主,有独立面对生活,迎接挑战的勇气和信心,其中包括在不同环境中从事不同职业、遇到各种情况时人际交往能力、应对和处理问题的能力。2 要有不断创新的进取心  抱守古训、因循成法,在传统社会中往往受到称道,而在各种变革日新月异的现代社会,它已成为社会发展与进步的障碍。“创新是一个民族的灵魂”,也是现代人的灵魂。美国之所以能在向知识经济社会迈进的过程中发挥“领头羊”的作用,与美国文化中敢冒险、寻求变革和鼓励创新的精神有关,这种精神使美国人有一种超常规探索和迎接挑战的思维定势和构架。3 要有广泛关怀的责任心  具有独立创业精神的人,不应当是信奉个人主义的自私自利者,相反,他应当具有广泛的人文关怀,充分表现出个人对社会、对国家、对他人的道义责任和法律责任,自觉履行这种责任,在社会生活中自觉把握和促进人与自然、人与社会的和谐发展。即使是在市场经济时代,真正接受过高等教育和大学文化熏陶的人,也应当超越现实功利,树立崇高的人生目标,不仅知道“何以为生”,掌握生存的知识和技能,而且更要理解“为何而生”,认识生存的意义和价值,始终坚持真、善、美的价值原则。3 大学生创业精神的特点  具有独立创业精神的高素质人才在实际行动中体现为以下主要特征:1 对环境的主动适应能力  “物竞天择,适者生存”。具有独立创业精神的现代人,必然具有较强的环境适应能力,在人与环境的互动过 程中,个体能够以前瞻性的思维与眼光做出预测与判断,并及时调整自己的人生目标和行动方案,以保持与变化着的环境的协调统一,而不是消极被动地等待和忍耐。特别是在知识经济、市场经济时代,知识技术的不断更新,职业岗位的不断转换,人际关系的不断变化,使得人们几乎始终处在一个陌生的社会环境中,这就尤其需要具备良好的自我调适能力,做到“与时俱进”,无往而不胜。2 对文化的综合能力  现代社会生活在最大程度上体现了文化的多元并存、传统文化与现代文化、东方文化与西方文化、主流文化与边缘文化等多种文化并存,使得许多人产生了深深的文化困惑,难以选择和研究个体的文化态度和生活方向。这种“文化不适应综合症”,会严重损害人的创造能力和生活信心。作为一个具有独立创业精神的现代人,必须有更加宽阔的文化视野和思维空间,在坚持正确的思想方向和科学的世界观、人生观、价值观的前提下,始终把实践主体包括个体、集体、国家和民族生存与发展的最关键问题,“以我为主”,大胆批判和选择,在此基础上,进行文化的再整合和再创造。只有这样,才能在市场化、全球化过程中辨清方向,确定目标,独立前行,开创一片新天地。3 为理想而奋斗的实践能力  中国思想史上一个重要命题是“知与行”的关系问题,近代著名教育家蔡元培明确提出“好学力行”,这在今天仍具有很强的针对性。传统高等教育的主要弊病之一就是重知轻行,片面地认为学生在大学阶段的主要任务是系统掌握各学科的理论知识,因而学生缺少必要的动手操作能力的训练。  认识世界的真理性固然重要,但问题在于改造世界。没有实践,理论上的科学构想就难以转化成现实生产力;没有实践,人生理想和价值追求永远只能是精神的“空中花园”,难以转化成现实的文化存在。因此,实践观念的有无,实践能力的强弱,对于一个现代人事业的成败至关重要。在人们不断强调“学习、学习、再学习”的同时,也有必要强调“实践、实践、再实践”。具有独立创业精神的人,尤其需要不断提高实践能力,在实践中充分展示主体的本质力量。4 大学生独立创业精神的培养途径  国际21世纪教育委员会在《教育财富蕴藏其中》的报告中认为:“教育应该促进每个人的全面发展,即身心、智力、敏感性、审美意识、个人责任感、精神价值等方面的发展,使青年学生通过大学教育能够形成独立自主、富有批判精神的思想意识,以及培养自己的判断能力,以便由他自己确定在人生的各种不同的情况下他认为该做的事。”要实现这一教育目标,在大学教育中必须做到以下几点:1 坚持知识、能力、素质的辩证统一  要培养具有独立创业者精神的新型人才,必须坚持知识、能力、素质的辩证统一。知识是能力和素质的载体,包括科学文化知识、专业基础与专业知识、相邻学科知识,目前高等学校对相邻学科知识重视不够,要区分不同科类,加强这方面的教学工作。  能力是在掌握了一定知识基础上经过培养和实践锻炼而形成的,丰富的知识可以促进能力的增强,强的能力可以促进知识的获取,能力主要包括获取知识的能力、运用知识的能力、创新能力,其中创新能力的培养是高等学校的薄弱环节。素质是指人在先天生理基础上,受后天环境教育影响,通过个体自身的认识和社会实践,养成的比较稳定的身心发展的基本品质,高的素质可以使知识和能力更好地发挥作用,促进知识和能力进一步扩展和增强。坚持知识、能力、素质的辩证统一,注重素质教育,重视创新能力的培养,才能适应21世纪经济社会发展对人才的需要。2 突出创新能力的培养  高等学校实施的素质教育的重点是培养创新人才和为经济社会服务。而对学生创新能力的培养是当前大多数高等学校的薄弱环节。因此,在深化教学改革中,必须突出对学生创新能力的培养。要尊重学生的个性发展,爱护和培养学生的好奇心、求知欲,帮助学生自主学习,独立思考,保护学生的探索精神、创新思维,营造崇尚真知,追求真理的氛围,为学生的禀赋和潜能的充分开发创造一种宽松的环境。要让学生感受、理解知识产生和发展的过程,培养学生的科学精神和创新思维。3 努力提高学生的实践能力  理论与实践的脱节,造成学生的动手能力不强是当前高等教育工作中亟待解决的一个重要问题。在高等教育中,要充分认识到学生是主体,要转变长期以来形成的由教师单向传授知识,以考试分数作为衡量教育成果的唯一标准,以及过于呆板的教育制度。创立、创建学生能进行综合动手试验的外部环境,鼓励学生利用课余时间参加一定的社会实践活动,增强学生对社会的了解并进而加强对社会的适应能力。21世纪是信息的时代,要重视和加强培养学生收集处理信息的能力、获取新知识的能力、分析问题和解决问题的能力。4 加强学生心理素质的锻炼  依据大学生的心理特点,有针对性地讲授心理健康知识,开展辅导或咨询活动,帮助大学生树立心理健康意识,优化心理素质,增强心理调适能力和社会生活的适应能力,预防和缓解心理问题。帮助他们处理好环境适应、自我管理、学习成才、人际交往、交友恋爱、求职择业、人格发展和情绪调节等方面的困惑,提高健康水平,促进德智体美等全面发展。主要是宣传普及心理健康知识,使大学生认识自身,了解心理健康对成才的重要意义,树立心理健康意识,介绍增进心理健康的途径,使大学生学会自我心理调适,有效消除心理困惑,自觉培养坚忍不拔的意志品质和艰苦奋斗的精神,提高承受和应对挫折的能力。  总之,独立创业精神的培养既取决于客观条件的许可,更依赖于学生主观的努力,作为学校要营造有利于人才脱颖而出的氛围,积极培养学生的独立创业者精神,为培养现时代社会所需要的人才而努力。参考文献1 谢志远大学生创业教育与创业精神的培育[J]船山学刊,2004(3)2 谢相勋.论培养学生独立创业精神的现代人格──高等教育面向21世纪的重要使命[J].乐山师范高等专科学校学报,200043 雷卫平浅议高校学生工作中的人本思想[J]科技创业月刊,2005(7)4 贾文华.试论大学生创业精神与创业能力的培养[J].商丘师范学院学报,20063

商丘师范学院论文模板格式要求是多少

论文写作的内容和标准格式⑴题名是以最恰当,最简明的语词反映论文中最重要的特定内容的逻辑组合,应避免使用的不常见的省略词,首字母缩写字,字符,代号和公式,字数一般不宜超过20个题名用语⑵作者姓名和单位,两人以上,一般按贡献大小排列名次①文责自负;②记录成果;③便于检索⑶摘要:是论文的内容不加注释和评论的简短陈述,中文摘要一般不会超过300字,不阅读全文,即可从中获得重要信息外文250实词包括:①本研究重要性;②主要研究内容,使用方法;③总研究成果,突出的新见解,阐明最终结论重点是结果和结论⑷关键词是从论文中选取出以表示全文主题内容信息款目的单词或术语,一般3-7个,有专用《主题词表》⑸引言回来说明研究工作的目的,范围,相关领域的前,人工作和知识布局,理论基础和分析,研究设想,研究方法,预期结果和意义⑹正文⑺结论:是指全文最终的,总体的结论,而不是正文中各段小结的简单重复要求准确,完整,明晰,精练⑻致谢:是对论文写作有过帮助的人表示谢意,要求态度诚恳,文字简洁⑼参考文献表(注释),文中直接引用过的各种参考文献,均应开列,格式包括作者,题目和出版事项(出版地,出版社,出版年,起始页码)连续出版物依次注明出版物名称,出版日期和期数,起止页码⑽附录:在论文中注明附后的文字图表等

论文格式具体要求  题目:简洁明了能够准确概括论文的文章内容。  字体:黑体小一号,加粗并居中  摘要:字数大概在300字左右就行了,需要用第三人称来简短明确的交代论文的背景以及该论文的所做的研究,或者将研究内容讲清楚即可。  字体:黑体小二号  关键词:关键词主要是针对于读者在搜索的过程中,可以快速的找到相关内容及资料,而且关键词要是论文的中心内容,所以该部分一般为3-8个词。  字体:宋体四号,每个词之间用空格或者分号隔开。  正文:这个是占据整个论文最多,也是最难下手的地方。大部分论文都是分为几个观点展开讨论的,所以格式也复杂一些。  字体:章标题:黑体小二号,加粗并居中;小节标题:黑体小三号,加粗并居中;一级序号标题:黑体四号标题,加粗并顶格;二级序号标题:宋体小四号,不加粗并顶格;剩下的标题都为宋体小四号,不加粗并缩进两字。  参考文献:要如实列举出论文中所参照或者是借用观点的相关文献,也有助于读者可以更方便的找到该文字或语句的出处,从而读者也可以去阅读该文献,并在相关知识上得到更深层的了解。每篇论文一般都要有8-15篇的参考文献。  字体:“参考文献”用黑体五号,加粗;文献名及序号用宋体五号,并序号要求用“[1]、[2]”这种类型的。  总结:在论文的不同部分,所用的字体以及大小也会有相应的变化,所以在写的时候要注意具体的格式要求。

标准的论文格式:1、论文格式的论文题目:(下附署名)要求准确、简练、醒目、新颖。 2、论文格式的目录 目录是论文中主要段落的简表。(短篇论文不必列目录) 3、论文格式的内容提要: 是文章主要内容的摘录,要求短、精、完整。字数少可几十字,多不超过三百字为宜。 4、论文格式的关键词或主题词 关键词是从论文的题名、提要和正文中选取出来的,是对表述论文的中心内容有实质意义的词汇。关键词是用作计算机系统标引论文内容特征的词语,便于信息系统汇集,以供读者检索。每篇论文一般选取3-8个词汇作为关键词,另起一行,排在“提要”的左下方。 主题词是经过规范化的词,在确定主题词时,要对论文进行主题分析,依照标引和组配规则转换成主题词表中的规范词语。(参见《汉语主题词表》和《世界汉语主题词表》)。 5、论文格式的论文正文: (1)引言:引言又称前言、序言和导言,用在论文的开头。引言一般要概括地写出作者意图,说明选题的目的和意义, 并指出论文写作的范围。引言要短小精悍、紧扣主题。 〈2)论文正文:正文是论文的主体,正文应包括论点、论据、论证过程和结论。主体部分包括以下内容: 提出问题-论点; 分析问题-论据和论证; 解决问题-论证方法与步骤; 结论。 6、论文格式的参考文献 一篇论文的参考文献是将论文在研究和写作中可参考或引证的主要文献资料,列于论文的末尾。参考文献应另起一页,标注方式按《GB7714-87文后参考文献著录规则》进行。 中文:标题--作者--出版物信息(版地、版者、版期) 英文:作者--标题--出版物信息 所列参考文献的要求是: (1)所列参考文献应是正式出版物,以便读者考证。 (2)所列举的参考文献要标明序号、著作或文章的标题、作者、出版物信息。

论文格式1、毕业论文格式的写作顺序是:标题、作者班级、作者姓名、指导教师姓名、中文摘要及关键词、英文摘要及英文关键词、正文、参考文献。2、毕业论文中附表的表头应写在表的上面,居中;论文附图的图题应写在图的下面,居中。按表、图、公式在论文中出现的先后顺序分别编号。3、毕业论文中参考文献的书写格式严格按以下顺序:序号、作者姓名、书名(或文章名)、出版社(或期刊名)、出版或发表时间。4、论文格式的字体:各类标题(包括“参考文献”标题)用粗宋体;作者姓名、指导教师姓名、摘要、关键词、图表名、参考文献内容用楷体;正文、图表、页眉、页脚中的文字用宋体;英文用TimesNewRoman字体。5、论文格式的字号:论文题目用三号字体,居中;一级标题用四号字体;二级标题、三级标题用小四号字体;页眉、页脚用小五号字体;其它用五号字体;图、表名居中。6、格式正文打印页码,下面居中。7、论文打印纸张规格:A4210×297毫米。8、在文件选项下的页面设置选项中,“字符数/行数”选使用默认字符数;页边距设为上:3厘米;下:5厘米;左:8厘米;右:8厘米;装订线:8厘米;装订线位置:左侧;页眉:8厘米;页脚8厘米。9、在格式选项下的段落设置选项中,“缩进”选0厘米,“间距”选0磅,“行距”选5倍,“特殊格式”选(无),“调整右缩进”选项为空,“根据页面设置确定行高格线”选项为空。10、页眉用小五号字体打印“湖北工业大学管理学院2002级XX专业学年论文”字样,并左对齐。11、使用软件:MicrosoftWord2000以上版本。随时欢迎您的咨询,希望对您有帮助。补充:鄙人可以帮你弄下,欢迎随时找我。

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