rna研究论文

靶向血管紧张素Ⅱ受体基因的短发夹RNA的功能比较【关键词】 RNA干扰；高血压；血管紧张素Ⅱ受体；载体Gene silencing targeted to the rat AT1 receptors by efficient shRNAs and its screening 【Abstract】 AIM: To investigate the efficacy of short hairpin RNAs (shRNAs) to modulate the expression of rat angiotensin Ⅱ type1 (AT1) receptor gene in mammalian cells and to explore the correlations between the features of efficient shRNAs and shRNAs functionality. METHODS: We generated 4 shRNAs expression vectors targeting against rat angiotensinⅡ receptors. The shRNAs were targeted to 4 different regions of the same gene. The rat C6 glioma cells were transfected with constructed pGenesil1shRNA plasmid and scrambled plasmid. The cultured cells were collected at different phases for RTPCR and Western blot analyses. RESULTS: 24 h later, no significant reduction in AT1 mRNA levels at all treated groups could be detected. 48 h later, AT1 mRNA level of Pb treated group droped to (±)% of that in control group, and reached their lowest point after 72 h (±)%. No significant inhibition of AT1 receptor mRNA expression was found in other groups (P＞). The AT1 mRNA and protein levels behaved ultimately similarly. At hour 24 and 48, the AT1 protein was (±)% and (±)% respectively compared to control and a maximum reduction was observed after 72 h incubation 〔(± compared to controls)〕. CONCLUSION: Besides some general rules, we believe that the loop structure in the mRNA at the region targeted by siRNA and the better accessibility of the siRNA to targeted mRNA do have a strong effect on silencing. 【Keywords】 RNAi; hypertension; angiotensinⅡreceptor; vector 【摘要】目的：研究哺乳动物细胞中shRNA调节大鼠血管紧张素Ⅱ1型受体基因表达的有效性并探索有效shRNA的特征与shRNA功能性之间的关系. 方法：设计并构建四个靶向大鼠AT1受体基因不同区域的shRNA表达载体，转染大鼠神经胶质瘤C6细胞，并在不同时相收集转染的细胞，进行RTPCR和Western blot检测. 结果：转染24 h之后，各处理组均未见AT1 mRNA水平有明显减少. 与对照组相比，Pb组在转染后48 h血管紧张素Ⅱ受体mRNA基因水平下降到（±）%，72 h后达到最低点（±）%. 其它组AT1受体mRNA表达无明显抑制(P＞). 抑制大鼠血管紧张素Ⅱ受体mRNA基因及其蛋白的结果类似. 与对照组相比，Pb组血管紧张素Ⅱ受体蛋白在24 h和48 h分别减少至（±）% 和（±）%，最大减少在转染后72 h （±）%. 结论：选择有效的shRNA序列时，除了一般的原则之外，靶位mRNA的环状结构及siRNA是否能到达靶位对基因干扰实验能否成功具有重要作用. 【关键词】 RNA干扰；高血压；血管紧张素Ⅱ受体；载体基因干扰（RNA interference）可以特异性地靶向降解目的基因mRNA，从而使组织或细胞中的靶基因表达减少或沉默〔1〕. 在本实验中，我们采用RNAi技术，拟靶向降解大鼠神经胶质瘤C6细胞中的血管紧张素Ⅱ1型受体（AT1R）的mRNA，选取并合成了多条编码大鼠AT1R mRNA的短发夹RNA（shRNA）的核苷酸单链，退火形成双链结构并将其克隆进入质粒载体，在构建完成四条编码AT1R shRNA的表达载体之后，转染C6细胞. 根据不同核苷酸序列shRNA质粒在哺乳动物细胞内的功能表达，研究核苷酸序列及碱基不同的shRNA其靶向沉默大鼠AT1R的作用差别，探索筛选有效shRNA的原则. 1材料和方法 1．1材料载体pGenesil1质粒购自武汉市晶赛生物工程技术有限公司，限制性核酸内切酶BamHⅠ，HindⅢ，SalⅠ，PstⅠ购自大连宝生物工程有限公司; T4 DNA连接酶及缓冲液购自New England Biolabs公司; 大鼠神经胶质瘤细胞株C6细胞购自中国典型物保藏中心; 细胞培养液DMEM购自Hyclone公司; 转染试剂Metafectamine购自德国Biotex公司. 所有的DNA合成及引物合成服务均由上海博亚生物技术有限公司提供. 1．2方法 1．2．1靶基因AT1R mRNA的shRNA的构建在GenBank上选取大鼠AT1R的基因序列（序列号NM_030985），利用网上设计软件siRNA Target Finder，选取siRNA以碱基TT结尾、长度为21个核苷酸的序列，并且GC含量最大不超过60%，剔除含有连续四个或四个以上的A或T碱基的核苷序列，并通过BLAST验证的靶基因核苷酸序列四条，化学合成编码shRNA序列的DNA前向和反向序列单链如下：靶基因核苷酸序列同时设计一对非特异性序列作为阳性对照. 将合成的shRNA序列退火，与线性化的pGenesil1质粒连接，转化并提阳性克隆，PstⅠ和SalⅠ酶切和测序鉴定证实.以上不同的靶基因序列质粒分别称为pGenesilA（Pa），pGenesilB（Pb），pGenesilC（Pc）和pGenesilD（Pd）质粒. 1．2．2细胞培养及转染按2×108/L密度以相同的细胞数接种培养板，过夜至细胞铺满50%～60%. 用Metafectamine转染细胞，按1∶6的比例，根据试剂提供商的转染方案进行转染. 1．2．3RTPCRAT1基因引物序列为：5′TGTTCCCTTTCCTTATCATTCT3′, 5′CTTTGCTTGGTTACT CCTTCA3′，内参GAPDH的引物序列为：5′TTCAACGGCACAGTCAAGG3′, 5′TTAGTGGGGTCT CGCTCC3′. 反应体积25 μL包括5 μL cDNA，各引物 μL， μL MgCl2， μL Taq DNA聚合酶， μL dNTP混合物和5 μL 10×缓冲液. 反应条件: 在94℃退火3 min之后，94℃ 15 s，55℃ 15 s，72℃ 15 s进行30个循环. 毕后，产物上琼脂糖凝胶电泳. 1．2．4Western Blot分析转染pGensilAT1shRNA质粒和对照质粒之后，不同时相收获C6细胞. PBS液洗涤后，上样缓冲液溶解细胞. 煮沸溶解液10 min后，离心，取上清，弃沉淀物. 确定蛋白浓度. 电泳分离细胞溶解液，转膜. 50 g/L脱脂奶封闭后，加入抗AT1抗体（1∶1000）和抗βactin抗体（1∶1500）室温下孵育 h，再加入二抗（抗兔HRP抗体）孵育，增强型化学发光显色.统计学处理：根据RTPCR和Western Blot分析结果，用图像处理软件ImageTool 测灰度值，并与内参照相比得相对值. 用SPSS 统计软件oneway ANOVA进行组间方差分析. 显著性水平为P＜. 2结果 2．1不同shRNA表达质粒靶点及二级结构我们选择大鼠血管紧张素Ⅱ受体基因mRNA序列的部分序列,即556~575 bp，469~488 bp，595~614 bp， 663~682 bp,做为基因沉默靶位（图1）. 构建了四条碱基序列不同的pGenesilAT1shRNA质粒，预计产生的短发夹RNA如图2所示. 除在3′端缺乏两个连续的胸苷之外，AT1shRNA的正义链与大鼠AT1基因的mRNA序列的靶位基因序列是相同，反义链与靶序列互补. 其转录产生的RNA，预计可以折叠成短发夹siRNA. 所转录出的shRNA在理论上应可裂解靶基因mRNA，而经重新洗牌的对照质粒所转录出的shRNA则不应对AT1受体基因产生有效的基因沉默效应. 2．2AT1shRNA转染后AT1 mRNA水平和蛋白表达转染四组阳性质粒24 h后，各组AT1 mRNA水平无明显减少. 在48 h后与对照组相比，转染Pb质粒组的AT1 mRNA表达水平下降到（±）%，72 h下降到最低点〔仅为对照组的（±）%〕. 转染重新洗牌的siRNA大鼠神经胶质瘤C6细胞其AT1受体mRNA表达水平无明显抑制(P>). 结果提示，Pb质粒明显抑制了AT1受体mRNA基因的表达，其它三组质粒抑制AT1受体mRNA基因作用不显著（图3，4）. 将抑制AT1受体mRNA有效的Pb质粒进行Western Blot分析. 在24 h和48 h，AT1蛋白的表达分别为（±）% 和（±）%. 与对照组相比，表达减少的最大时相在转染后的72 h〔仅为对照组的（±）%〕. 结果表明，Pb质粒转染的细胞，AT1蛋白水平下降. 而转染重新洗牌的shRNA质粒和对照组则并不能减少AT1基因的表达（图5）. 所有的结果清楚表明，转染Pb质粒能够抑制AT1基因的表达. 3讨论肾素血管紧张素系统其主要的效应分子血管紧张素Ⅱ具有调节血压、水钠平衡、神经功能等作用. 研究证实，血管紧张素Ⅱ参与了动脉硬化、心肌梗塞、血管和心肌重塑以及充血性心力衰竭的病理生理过程. 血管紧张素Ⅱ通过直接激活AT1R并间接刺激一些生长因子和细胞因子的释放，诱导心肌细胞,血管细胞肥厚和增生〔2〕. 同时也可刺激AT2，激活与AT1相反的生物学效应而导致血管扩张、缓激肽生成增加、抑制纤维化和血管重塑〔3〕. 本研究构建AT1短发夹RNA表达质粒，试图用基因沉默技术抑制哺乳动物细胞的AT1 mRNA的表达，希望在阻滞AT1受体之后，通过血管紧张素Ⅱ对AT2的作用，达到血管扩张，降低血压、抑制血管重塑等目的〔4〕. 实验结果表明，我们观测到AT1基因mRNA的表达在早期即有减少，而随着mRNA水平的抑制，相应的蛋白也有所减少. 结果表明，U6启动子驱动的shRNA序列可有效地和特异地抑制AT1基因在转染的C6细胞中的表达. 因此，通过shRNA的表达，在细胞中抑制与高血压病理生理相关的AT1基因的表达，有可能成为一种有效的治疗方法. 目前尚无选择siRNA序列的共识性意见或标准〔5〕. 为了优化siRNA诱导的基因沉默效率，许多研究小组对寡核苷酸长度、二级结构及siRNA双链的序列特异性进行了研究. 普遍认为〔6〕，siRNA序列应在靶基因起始密码子下游100个碱基之后进行选择，应避开起始密码子的5′或3′端非编码区选择siRNA序列. 选择的正义链序列应是AA（N19）TT，其中N代表任何核苷酸，即选择的siRNA应该有两个尿嘧啶核苷的3′突出末端. 并且所选的siRNA的长度应是21个核苷酸. 决定RNA干扰研究成功与否的因素还有很多，包括靶位在mRNA三级结构中的位置、转染效率以及双链shRNA的特异性等〔7-8〕. 在比较本实验中设计的四条质粒时我们注意到，其中Pc和Pd的靶向裂解部位均位于靶基因mRNA二级结构中的核心位置尤其以Pd明显，这可能是质粒转染细胞后转录产生的短发夹RNA在与RISC (RNA诱导的基因沉默复合物)结合后无法进入靶mRNA裂解部位而导致实验失败的原因之一. 而Pa和Pb的靶向裂解部位位于靶基因mRNA二级结构中的表面位置，但质粒Pa也无效，分析可能的原因：①质粒Pa的GC含量偏低可以导致对靶基因mRNA的识别效率的减少; ②与RISC杂交效率的下降. 除此之外，我们还发现Pb质粒裂解靶基因的局部二级结构比质粒Pa裂解的部位更松散一些，也就是前者靶位中的氢键相对弱于后者的靶位. 在这些影响因素中，我们认为最重要的因素是siRNA能否进入靶位，而靶位中mRNA的结构是否足够松散，允许siRNA与RISC复合体进行靶向裂解. 总之，在进行短发夹RNA设计时，除了要遵循如靶序列应位于开放阅读框，而不能选择非编码区；GC含量应在50%左右；避开起始密码子后至少100个碱基；搜索5′AA（N19）序列并进行BLAST等一些普遍的规则〔9〕之外，我们认为siRNA能否进入靶裂解部位并且靶位的二级结构是否松散是有效shRNA合理设计并取得实验成功的最重要的因素. 【参考文献】〔1〕 Fire A, Xu S, Montgomery MK, et al. Potent and specific genetic interference by doublestranded RNA in Caenorhabditis elegans〔J〕. Nature, 1998, 391（6669）:806-811. 〔2〕 Dinh DT, Frauman AG, Johnston CI, et al. Angiotensin receptors: Distribution, signaling and function〔J〕. Clin Sci(Lond)， 2001,100(5): 481-492. 〔3〕 Levy BI. Can Angiotensin II Type 2 receptors have deleterious effects in cardiovascular disease? Implications for therapeutic blockade of the reninangiotensin system〔J〕. Circulation, 2004, 109(1): 8-13. 〔4〕 Esler M. The sympathetic system and hypertension〔J〕. Am J Hypertens Suppl, 2000, 13(6):99S-105S. 〔5〕 Wadhwa R, Kaul SC, Miyagishi M, et al. Knowhow of RNA interference and its applications in research and therapy〔J〕. Mutat Res, 2004, 567(1):71-84. 〔6〕 Miyagishi M, Hayashi M, Taira K. Comparison of the suppressive effects of antisense oligonucleotide and siRNAs directed against the same targets in mammalian cells〔J〕. Antisense Nucleic Acid Drug Dev, 2003, 13(1): 1-7. 〔7〕 Miyagishi M, Taira K. Development and application of siRNA expression vector〔J〕. Nucleic Acids Res Suppl, 2002,(2): 113-114. 〔8〕 Hamada M, Ohtsuka T, Kawaida R, et al. Effects on RNA interference in gene expression (RNAi) in cultured mammalian cells of mismatches and the introduction of chemical modifications at the 30ends of siRNAs〔J〕. Antisense Nucleic Acid Drug Dev, 2002, 12(5): 301-309. 〔9〕 Elbashir SM, Harborth J, Weber K, et al. Analysis of gene function in somatic mammalian cells using small interfering RNAs〔J〕. Methods, 2002, 26(2): 199-213.

自己去NCBI上找多得去了比如下面是Nature的一篇Review

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RNA称为：核糖核酸，属于核酸的一种，主要由核糖核苷酸组成，构成RNA的核糖核苷酸一共有4种，每种核糖核苷酸都是由三个部分组成：一分子磷酸、一分子核糖和一分子含氮碱基（构成核糖核苷酸的含氮碱基有四种：腺嘌呤A、鸟嘌呤G、胞嘧啶C、尿嘧啶U）。一般中学要求掌握到这么多！

DNA概述DNA即脱氧核糖核酸（英文Deoxyribonucleic acid的缩写）,又称去氧核糖核酸，是染色体的主要组成成分，同时也是组成基因的材料。有时被称为“遗传微粒”，因为在繁殖过程中，父代把它们自己DNA的一部分复制传递到子代中，从而完成性状的传播。原核细胞的染色体是一个长DNA分子。真核细胞核中有不止一个染色体，每个染色体也只含一个DNA分子。不过它们一般都比原核细胞中的DNA分子大而且和蛋白质结合在一起。DNA分子的功能是贮存决定物种性状的几乎所有蛋白质和RNA分子的全部遗传信息;编码和设计生物有机体在一定的时空中有序地转录基因和表达蛋白完成定向发育的所有程序;初步确定了生物独有的性状和个性以及和环境相互作用时所有的应激反应.除染色体DNA外，有极少量结构不同的DNA存在于真核细胞的线粒体和叶绿体中。DNA病毒的遗传物质也是DNA,极少数为分子特性稳定性DNA分子的双螺旋结构是相对稳定的。这是因为在DNA分子双螺旋结构的内侧,通过氢键形成的碱基对,使两条脱氧核苷酸长链稳固地并联起来。另外,碱基对之间纵向的相互作用力也进一步加固了DNA分子的稳定性。各个碱基对之间的这种纵向的相互作用力叫做碱基堆集力,它是芳香族碱基π电子间的相互作用引起的。现在普遍认为碱基堆集力是稳定DNA结构的最重要的因素。再有,双螺旋外侧负电荷的磷酸基团同带正电荷的阳离子之间形成的离子键,可以减少双链间的静电斥力,因而对DNA双螺旋结构也有一定的稳定作用。多样性 DNA分子由于碱基对的数量不同,碱基对的排列顺序千变万化,因而构成了DNA分子的多样性。例如,一个具有4 000个碱基对的DNA分子所携带的遗传信息是4种,即10种。特异性不同的DNA分子由于碱基对的排列顺序存在着差异,因此,每一个DNA分子的碱基对都有其特定的排列顺序,这种特定的排列顺序包含着特定的遗传信息,从而使DNA分子具有特异性。发现，发展DNA结构的发现是科学史上最具传奇性的“章节”之一。发现ＤＮＡ结构是划时代的成就，但发现它的方法是模型建构法，模型建构法就像小孩子拼图游戏一样的“拼凑”法。而在这场“拼凑”中表现最出色的是沃森和克里克。1928年4月6日，沃森出生于美国芝加哥。16岁就在芝加哥大学毕业，获得动物学学士学位，在生物学方面开始显露才华。22岁时取得博士学位，随后沃森来到英国剑桥大学的卡文迪什实验室，结识了早先已在这里工作的克里克，从此开始了两人传奇般的合作生涯。克里克于1916年6月8日生于英格兰的北安普敦，21岁在伦敦大学毕业。二战结束后，来到剑桥的卡文迪什实验室，克里克和沃森一样，对DNA有着浓厚的兴趣，从物理学转向研究生物学。当时人们已经知道，ＤＮＡ是一种细长的高分子化合物，由一系列脱氧核苷酸链构成，脱氧核苷酸又是由脱氧核糖、磷酸和含氮碱基组成，碱基有４种。在1951年，很多科学家对DNA的结构研究展开了一场竞赛。当时有两个著名的DNA分子研究小组，一个是以著名的物理学家威尔金斯和化学家富兰克林为首的英国皇家学院研究小组，他们主要用X射线衍射来研究DNA结构。一个是以著名化学家鲍林为首的美国加州理工大学研究小组，他们主要用模型建构法研究DNA结构，并且已经用该方法发现蛋白质a螺旋。1951年2月，威尔金斯将富兰克林拍的一张非常精美的DNA的X光衍射照片在意大利举行的生物大分子结构会议上展示，一直对DNA有浓厚兴趣的沃森看到这张图时，激动得话也说不出来，他的心怦怦直跳，根据此图他断定DNA的结构是一个螺旋体。他打定主意要制作一个DNA模型。他把这种想法告诉了他的合作者克里克，得到了克里克的认可。沃森和克里克构建DNA分子结构模型的工作始于1951年秋。他们用模型构建法，仿照著名化学家鲍林构建蛋白质α螺旋模型的方法，根据结晶学的数据，用纸和铁丝搭配脱氧核苷酸。他们构建了一个又一个模型，都被否定了。但沃森坚持认为，DNA分子可能是一种双链结构。因为自然界中的事物，很多是成双成对的，细胞中的染色体也是成对的。之后他们分别完成了以脱氧核糖和磷酸交替排列为基本骨架，碱基排在外面的双螺旋结构(如图一)，和以脱氧核糖和磷酸交替排列为基本骨架，碱基排在内部，且同型碱基配对的双螺旋结构（如图二）。1952年，生物化学家查伽夫访问剑桥大学时向报道了他对人、猪、牛、羊、细菌和酵母等不同生物DNA进行分析的结果。查伽夫的结果表明，虽然在不同生物的DNA之间，4种脱氧核苷酸的数量和相对比例很不相同，但无论哪种物质的DNA中，都有A=T和G=C，这被称为DNA化学组成的“查伽夫法则”。1952年7月，查伽夫访问卡文迪什实验室时，向克里克详细解释了A:T=G:C=1:1的法则。之后，克里克的朋友，理论化学家格里菲斯通过计算表明，DNA的4种脱氧核苷酸中，A必须与T成键，G必须与C成键。这与查伽夫法则完成一致。随后，鲍林以前的同事多诺告诉沃森，A-T和G-C配对是靠氢键维系的。以上这些工作，就成了沃森和克里克DNA分子模型中A—T配对、G—C配对结构的基础。至此，DNA模型已经浮现。2月28日，沃森用纸板做成4种碱基的模型，将纸板粘到骨架上朝向中心配对，克里克马上指出，只有两条单链的走向相反才能使碱基完善配对，这正好与X光衍射资料一致。完整的DNA分子结构模型完成于1953年3月7日。根据这个模型，DNA分子是一个双螺旋结构，每一个螺旋单位包含10对碱基，长度为34埃（1埃=10-10米）。螺旋直径为20埃。4月15日，沃森和克里克关于该模型的第一篇论文在《自然》（Nature）杂志上发表。DNA分子双螺旋结构模型的发现，是生物学史上的一座里程碑，它为DNA复制提供了构型上的解释，使人们对DNA作为基因的物质基础不再怀疑，并且奠定了分子遗传学的基础。DNA双螺旋模型在科学上的影响是深远的。有人说沃森和克里克的诺贝尔奖是站在“巨人的脚趾”上获得的，我不这么认为，在X光衍射照片的基础上，运用鲍林研究蛋白质螺旋的方法，综合DNA化学研究方面的资料，沃森和克里克，特别是沃森，有着更宽广的眼界，从各专家处汲取所需，而得到新的综合结果，而且这种综合结果比其各部分更伟大，这是那些不能聚木为林的专家们无法领悟到的

转运RNA：一种由76-90个核苷酸所组成的RNA

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非编码rna主题的论文

在近十余年的生命科学研究中非编码调控RNA可谓是研究最火的领域之一，从06年诺奖的siRNA，到这几年异常火爆的microRNA，到即将登场并定能风靡的lncRNA，可谓如火如荼。RNA不仅仅只承担遗传信息中间载体的辅助性角色，而是更多地承担了各种调控功能。ncRNA在发育和基因表达中发挥的复杂精确的调控功能极大地解释了基因组复杂性之难题，同时也为人们从基因表达调控网络的维度来认识生命体的复杂性开启新的天地．现在大部分研究集中于短 RNA如 microRNA，piRNA等一些 ncRNA 生物生成机制和调控通路，甚至在一些人类复杂疾病中的功能，但是这都只是冰山一角。人们对lncRNA(Long noncoding RNAs, LncRNAs) 的认识还处在初级阶段，lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”，是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能。然而，近年来的研究表明，lncRNA参与了X染色体沉默，基因组印记以及染色质修饰，转录激活，转录干扰，核内运输等多种重要的调控过程，lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生的转录本是lncRNA（相应的蛋白编码RNA的比例是1%），虽然近年来关于lncRNA的研究进展迅猛，但是绝大部分的lncRNA的功能仍然是不清楚的，随着研究的推进，各类 lncRNA 的大量发现，lncRNA 的研究将是 RNA 基因组研究非常吸引人的一个方向，使人们逐渐认识到基因组存在人类知之甚少的“暗物质”。

基因表达紊乱是癌症的一个主要标志。事实上，转录因子活动的改变已被证明是一些癌症最常见亚型的驱动因素。RNA对基因表达至关重要，无论是以蛋白编码RNA（mRNAs）的形式，还是以参与和调节转录的非编码RNA形式（lncRNAs或snRNA）、剪接（snRNAs）和翻译（核糖体RNAs、tRNAs和microRNAs）。最近的证据表明，RNA的加工在癌症中被系统改变，证明RNA对肿瘤发生、生长和进展的重要影响。 2020年10月，来自澳大利亚的研究人员在《 Nature Reviews Cancer 》发表题为“RNA in cancer”的综述，讨论了编码和非编码RNA的加工或活性改变如何促进肿瘤的发生、生长和进展，强调了RNA在癌症中的既定角色（miRNA和lncRNA）和新兴角色（选择性mRNA加工和circRNA）以及它们对癌症的作用机制。一旦RNA聚合酶II合成了 mRNA ，它必须首先剪接并进一步加工成成熟的转录物，然后从细胞核输出到细胞质，转化为蛋白质。这些相互连接的处理步骤是由许多大分子复合物完成的，例如剪接体和转录-输出复合物TREX和TREX2。在生理条件下，基因表达也可以通过一些非编码RNA ，包括miRNAs、lncRNAs和circRNAs来调节。通常，miRNAs通过加速靶基因的去乙酰化和降解来负调控基因的表达，而lncRNAs则通过作为调节蛋白复合物的支架、定位到基因组DNA或改变基因组结构来调节顺式或反式的基因表达。许多miRNAs被发现与癌症相关，要么作为肿瘤抑制因子，要么作为癌基因。 miRNA的作用：人类细胞中大多数蛋白质的表达水平受到一个或多个miRNA的某种程度的调控。单个miRNA可以具有许多mRNA靶标，而单个mRNA可以被多个miRNA靶向。尽管miRNA可以共同作用，以抑制在3'非翻译区（UTR）中具有多个miRNA结合位点的靶标的表达，仅一种类型的miRNA与靶标mRNA的结合导致相对温和减少靶基因表达。通过RNA测序已经检测到1000多种不同的miRNA。一些miRNAs，如肿瘤抑制因子let-7，在几乎每种细胞类型中都有大量表达，而另一些miRNAs具有高度的细胞类型特异性表达，或者在某些细胞类型中以非常低的水平存在或不存在。因此在检测低表达的miRNAs的可能影响时，需要谨慎。致癌和抑癌的miRNA： 1. 靶向致癌途径负调控因子的miRNAs在失调时可能通过多个靶点抑制RAS-MEK-ERK信号和miR-155/miR-221，它们分别针对SHIP1（也称为INPP5D）和PTEN，这两个都是AKT信号的负调节器。 2. 在癌症中最常见减少的miRNA是let-7 miRNA突变体，它通过靶向强效癌基因，包括MYC、KRAS和HMGA2作为主要的肿瘤抑制因子。因此，let-7 miRNAs被认为是一个重要的治疗靶标。 3. 大量miRNAs也被报道通过限制或逆转上皮-间质转化（EMT）来限制转移和/或化疗耐药，其中最有效的是miR-200家族。 miRNA失调的机制： miRNA基因由RNA聚合酶II转录，因此受到与蛋白质编码基因相同类型的表观遗传调控。事实上，许多miRNA基因都来自于蛋白质编码基因的内含子。在癌症中有许多关于miRNAs表观遗传失调的报道。癌症中miRNA表达水平广泛下调的一种模式是源于缺氧诱导的癌细胞中Drosha和Dicer表达水平的降低，以及AGO2的磷酸化，进而降低了Dicer与AGO2并抑制miRNA从前体到成熟miRNA的加工。然而，并不是所有的miRNAs都会受到缺氧的下调，例如，miR-210的转录诱导可以覆盖缺氧诱导的加工减少，并且可以抑制免疫缺陷小鼠肿瘤生长的启动，但也可以促进细胞在肿瘤缺氧的应激环境中的适应和生存。 miRNAs下调的另一个机制可能是由于基因突变或前miRNAs转运蛋白exportin 5（XPO5）磷酸化水平的变化而减少核的输出。 lncRNAs已经被发现具有致癌或肿瘤抑制功能。 lncRNAs的作用： lncRNAs是指长度超过200个核苷酸不编码蛋白质的RNA。与mRNAs一样，它们由RNA聚合酶II转录，但与mRNAs不同，许多lncRNAs优先定位于细胞核。它们具有不同的功能，包括核作用，如调节顺式或反式中的基因表达，调节剪接以及亚单位透明结构域的成核。2010年，lncRNA HOTAIR通过参与染色质重塑促进乳腺癌转移，随后发现许多lncRNA具有影响癌症发展或进展的功能。一些lncRNAs可能具有多种看似不相关的功能。例如，lincRNA-p21最初被鉴定为p53诱导的肿瘤抑制因子lncRNA80，并被证明介导异质性核糖核蛋白K（HNRNPK）与其邻近基因CDKN1A（编码p21）的结合并增加其转录。致癌和抑癌的lncRNA： 1. 最近的一项研究揭示了lncRNA-REG1CP在结直肠癌中的表达经常上调。REG1CP通过将解旋酶FANJ与相邻基因REG3A86的启动子连接，促进结直肠癌异种移植瘤的生长。 2. PCAT19是一种致癌的lncRNA，它激活反式基因，促进前列腺癌的生长、侵袭和转移。 3. 细胞质lncRNAs也可能是癌基因。在MYCN扩增的神经母细胞瘤中过度表达的lncRNA linc0255，通过与核糖体蛋白RPL35的相互作用特别激活E2F1的翻译。 4. lncRNAs也可以作为肿瘤抑制剂。核lncRNA DIRC3影响局部染色质结构，激活编码肿瘤抑制因子IGFBP5的邻近基因的转录。 5. lncRNAs也可以通过调节细胞质中的信号来抑制肿瘤。细胞质lncRNA-DRAIC在去势抵抗的晚期前列腺癌中下调，并通过干扰NF-κB激酶（IKK）活性抑制剂抑制核因子-κB（NF-κB）激活来抑制其进展。 6. 一些lncRNAs仍然有可能编码小蛋白。事实上，lncRNA LINC00908可以产生一种60个氨基酸的多肽，与正常组织样本相比，该多肽在三阴性乳腺癌组织中下调，并且与整体生存率差有关。 lncRNAs的多重对立效应：关于lncRNA基因在癌症中的影响，最能说明问题的一个例子是考虑lncRNA基因在强效癌基因表达中的作用，也可能反映了MYC在驱动对增殖和生长信号的转录反应中所起的关键作用，MYC基因的转录受多个邻近lncRNA基因转录的调控。这也凸显了lncRNA基因座可以产生具有不同甚至相反功能的RNA。通过对小鼠体内大量MALAT1 lncRNA进行基因缺失研究的对比解释，进一步强调了lncRNA对基因表达影响的复杂性。circRNA的新角色： circRNAs基本上在所有细胞和组织中都有表达，并且在癌症中可能被错误调节。circRNA主要是反向剪接事件的产物，它将外显子拼接到前一个外显子而不是下游外显子上，从而形成共价闭合的circRNA分子。有报道称，一些circRNA位于细胞核内并调节转录，但大多数circRNAs位于细胞质中。单个细胞可以表达数千个circRNAs，通过对患者肿瘤和癌细胞系RNA的深度测序，总共检测到超过200000个不同的circRNAs。一些circRNAs被发现在癌症中与相应的正常组织相比过度表达，增加了它们作为疾病生物标志物的可能性。 circRNAs有可能作为癌基因或肿瘤抑制因子发挥作用，可能是通过充当miRNAs的海绵，而一项敲除筛选表明，前列腺癌细胞中一些高度丰富的circRNAs对细胞的最大增殖至关重要，虽然还需要更多的工作来确定致癌或肿瘤抑制circRNAs。 circRNA可能还充当多蛋白复合物的核因子或组分。失调的circRNAs：什么导致癌症中的细胞周期失调？基因拷贝数或circRNA前体转录的改变无疑改变了它们在某些癌症中的水平。然而，由于大多数circRNAs是来自蛋白质编码基因的选择性剪接产物，因此需要仔细区分这些变化的影响与同源蛋白水平变化的影响。circRNA水平变化的另一种方式是通过参与circRNA生物合成的剪接因子水平的改变。mRNA前体的剪接以去除内含子并以不同的方式连接外显子是基因表达的基础。事实上，选择性剪接可以通过产生选择性蛋白质亚型来促进转录组和蛋白质组的多样性。这个过程是由主要的剪接体完成的，它执行大多数的RNA剪接反应，并且与300多种不同的蛋白质相关。一旦mRNAs被剪接和多聚腺苷酸化，它们必须从细胞核中的转录和加工部位输出到细胞质中进行翻译。有效的mRNA输出是通过将基因表达途径中的上游过程（即转录、剪接和多聚腺苷酸化）与mRNA输出耦合来实现的。mRNA不断地通过核孔复合体的内部通道运输，使蛋白质和分子能够穿过核膜。转录、RNA剪接和多聚腺苷酸化与mRNA输出之间存在广泛的耦合，对肿瘤的发生具有重要意义。 mRNA剪接的新角色： mRNA剪接在历史上被认为是一个内控过程，对多外显子基因的表达至关重要，但最近的研究结果显示了RNA剪接机制的调控潜力。改变的mRNA剪接机制如何促进肿瘤的发生？SRSF2、SF3B1和U2AF1的突变都不同程度地影响3′剪接位点识别。这种改变的剪接可能会影响编码促进转化的蛋白质转录物的稳定性。选择性裂解和聚腺苷酸化：在肿瘤中也广泛观察到下游mRNA处理步骤的改变，如前体mRNAs的裂解和多聚腺苷酸化。例如，3′UTR区在肿瘤细胞系和肿瘤标本中均发生缩短。选择性mRNA输出的新兴作用：基因表达途径的末端步骤之一，mRNA的核输出，在癌症中也发生了改变。虽然mRNA输出被认为是基因表达中的一个普遍的、默认的途径，但是特定的生物途径可以通过选择性的mRNA输出来调节，使某些mRNAs优先于其他的。选择性mRNA输出可以调节对癌症发展至关重要的生物学过程，如细胞增殖和基因组完整性。这种mRNA输出机制的调节潜力可被癌细胞利用以维持增殖。在过去的几年里，大量的研究已经非常详细地揭示了RNA在癌症中发生系统性改变的程度。癌症中编码和非编码RNA的广泛改变影响了肿瘤发生的多个方面。这些不同的RNA亚型和处理它们的蛋白质参与癌症发生的机制特性，为治疗干预提供机会。例如，一些以核心剪接体机制为靶点的化合物，如与SF3B复合物结合的E7107，在体内影响RNA剪接，但在I期临床试验中静脉注射时表现出显著的毒性。最近的研究表明，在具有剪接体突变的晚期血液恶性肿瘤中，使用SF3B复合物H3B-8800的可口服调节剂，在耐受剂量良好的小鼠模型中显示了优先抗肿瘤活性。其他研究试图通过使用介导其蛋白酶体降解的化合物作为干扰剪接的替代药理学手段来调节选择性和调节性剪接因子，如RBM39，在小鼠急性髓系白血病模型中获得成功。RNA在癌症中的广泛改变将为治疗提供大量的新机会。进一步阐明RNA加工改变促进肿瘤发生、生长和进展的基本机制，对于确保癌症疗法专门针对RNA加工过程且对正常细胞的影响最小至关重要。首发公号：国家基因库大数据平台参考文献 Goodall, ., Wickramasinghe, . RNA in cancer. Nat Rev Cancer (2020). .

研究与研究论文

研究目标：通过你的研究（实验和理论推导等）最终能到到什么样的预期效果；研究内容：在提出研究目标的基础上，细化达到这个目标具体要做的那些事情，要一条一条的列出来，看你是写什么东西，有的还需要写技术路线，就是要研究的这个内容你具体每一步是怎么开展下去，写这个要注意：可行性与创新性。例如：研究目标是一个叫欧巴桑的美女，就是你的目标；确定了目标之后，你的研究目的是为了和她结婚，结婚之后你的研究内容是欧巴的结构、脾气、零件组成、运行规律。扩展资料：研究是主动寻求根本性原因与更高可靠性依据，从而为提高事业或功利的可靠性和稳健性而做的工作。“研究”一词常被用来描述关于一个特殊主题的资讯收集。利用有计划与有系统的资料收集、分析和解释的方法，获得解决问题的过程。研究是主动和系统方式的过程，是为了发现、解释或校正事实、事件、行为、理论，或把这样事实、法则或理论作出实际应用。研究是应用科学的方法探求问题答案的一种过程，因为有计划和有系统的收集、分析与解释资料的方法，正是科学所强调的方法。相关名言：我愿用我全部的生命从事科学研究，来贡献给生育我、栽培我的祖国和人民。——巴甫洛夫研究真理可以有三个目的：当我们探索时，就要发现到真理；当我们找到时，就要证明真理；当我们审查时，就要把它同谬误区别开来。——帕斯卡分形几何不仅展示了数学之美，也揭示了世界的本质，还改变了人们理解自然奥秘的方式；可以说分形几何是真正描述大自然的几何学，对它的研究也极大地拓展了人类的认知疆域。——周海中

研究报告与学术论文的区别是：

1. 研究报告与学术论文在内容要求上存在着一定的差别

一般来说，论文比较简洁精炼，它仅仅突出表达一项研究工作中最主要、最精彩和具有创造性的内容。论文含有新的见解或形成新的解释、新论点、新理论，没有一般研究过程的叙述，也没有过多的具体材料；而科研报告则可以将整个研究工作的重要过程、方法和环节都写进去。

2. 研究报告与学术论文在创新性方面存在差别

在创新性方面，学术论文必须在充分占有大量文献资料的基础上提出新见解、新理论，以补充已有研究的不足，纠正流行说法偏差，填补研究的空白，达到现有研究的新高；而研究报告则注重陈述研究过程的.事实和数据，说明问题，不一定必须要有创新性观点的形成。

3. 研究报告与学术论文在论证过程中存在差别

就论证过程来说，学术论文是以“论”成文的，论文作者要运用严谨规范的科学语言、形式和专业的术语概念，来论说所持的观点见解，论证所提出的理论模式，做到就事论理、以理服人，论述深刻、充分，论证严密、透彻，论断精当、公允，论据可靠、确凿，同时还要有较高的推理成分，具有较强的论理性；而研究报告则注重用事实与数据来说明和揭示某一问题或现象，主要凭事实和数据说话。