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医学生生物信息毕业论文

生物医学信息检索论文

当代，论文常用来指进行各个学术领域的研究和描述学术研究成果的文章，简称之为论文。下面是生物医学信息检索论文，请参考！

生物医学信息检索课程中双语教学研究

摘要: 本文探讨了双语教学在生物医学信息检索课程中的应用，小结了医学信息检索课程双语教学的方法和技巧，并基于教学实践，对潜在的问题提出了相应的解决方案。

关键词: 生物医学信息检索;双语教学;高等教育

0前言

21世纪全球经济一体化，科学技术飞速发展，英语作为国际上的全球化通用语言，其重要性不言而喻，它发挥的马太效应已经愈来愈明显。而我国传统的英语教育更侧重于理论知识的学习，对更为实际的语言应用能力则有所忽视，尤其是专业英语的教育存在较大的空白，导致相当多的学生在专业领域内英语的实际运用能力有限。但是现如今，无论是各类型企业还是科研机构，对同时具备良好的专业知识和高水平的英语应用能力的人才的需求非常大。可以说，作为高层次的人才，仅仅具备专业知识，而英语应用能力存在短板会极大地限制专业水平的进一步提高，降低国际交流与协作的效率，对职业生涯造成无法低估的伤害。高等教育应从多方面入手，努力培养有国际视野的“专业+英语”复合型人才，满足这一需求。双语教学作为一种与国际接轨的教学模式，一方面有利于提高学生的英语学习能力，另一方面可以更快速更全面地获取专业相关的科技进展，有利于提升学生的专业水平。而生物医学信息检索是一门关于信息获取、知识更新的课程，只有当学生具备良好的英语能力，才能更高效更全面地获取最前沿的信息，学习最先进的知识，更好地服务于生物医学行业。将双语教学应用于生物医学信息检索，是一个事半功倍的方法。①②笔者在生物医学信息检索的双语教学实践中，总结了一些方法与技巧，并对其潜在的问题提供相应的解决方案。

1方法与技巧

精选教材且及时调整课程难度

“工欲善其事，必先利其器”，双语教学的首要问题便是双语教材的选择，教材选择的好与坏，直接影响着教学效果的好坏。教育部高等教育司曾提出：“在有条件的高等学校的某些信息科学和技术课程中推动使用国外优秀教材的影印版进行英语或双语教学，以缩短我国与国际先进水平的差距，同时也有助于强化我国大学生的英语水平。”原版外文教材在内容上更具有前瞻性、专业的前沿知识也更加规范和优越，更利于学生接触到新知识，选择原版外文教材也是营造全英文环境的一个有利措施，可以高效率地学习专业词汇的使用、专业内容的表达。但是，到目前为止，我国的生物医学信息检索的双语教材选择比较少。而直接采用美国等发达国家的生物医学信息检索原版教材，其课程内容并不一致，而且由于国外教材是按照英文的思维方式编写的，对于学生来讲难度较大，会对学生造成很大的学习压力。综合以上原因，我们在授课中参考了国外的一部分原版教材以后，自编了适合学生全英文的教材和练习。该教材兼顾学生按教学大纲要求掌握专业知识和基本技能,重点强调与现行的生物医学前沿进展的联系。最后在教学实践过程中，根据学生的学习和掌握情况随时进行修改和调整。

多媒体教学结合上机实践

现代计算机和网络的普及大大减轻了双语教学中的困难。随着网络技术的发展和网络信息资源的大幅度增长，生物医学信息检索也更多地在网络上进行。为了配合这一现实的应用现状，我们在教学中采用了教师多媒体讲授和学生上机实践相结合的方式，旨在让学生们能摆脱纸上谈兵的桎梏，充分地将字面的知识固化为自己掌握的本领，能利用网络进行生物医学信息的检索。教师在教学中利用课件控制，对临场情况做出及时的响应调整教学策略和学习内容，以适应动态教学环境所带来的变化。在多媒体演示教学环境中，老师可将操作过程和所得到的结果展现在学生面前，让学生亲自动手操作，以使学生对知识的理解更加具体透彻。上机实践使得整个教学环境由静态向动态转变。这个方式一则是充分发挥学生的积极主动性，从老师“教”转化为学生“学”，二则有利于学生将理论学习和技能提升有机地结合在一起。这一方式在没有增加学时的情况下，本科生的生物医学信息检索课程的教学质量有了比较大的提升，得到学生的普遍好评。

小班教学增强师生交流

双语教学要考虑到学生之间的水平差异，采用小班教学的模式。我们在教学中发现双语教学的最大困难在于学生之间存在专业英语水平的差异，尤其是对于生源来源广泛的民族院校，这种情况尤其突出，教师如何平衡这种差异、并且及时调整教学的进度和难度是重中之重。而小班教学的方式能够保证信息的充分交流和师生的顺畅沟通，有利于增进学生对专业知识的理解和应用，也可以给授课老师及时反馈。小班教学可以营造一个良好的每个人都可以参与其中的双语氛围，获得更好的教学效果。

2问题与对策

加强专业英语学习

笔者在双语教学实践中发现，教学效果的好坏很大程度取决于学生自身的英文水平，尤其是专业英文水平。当学生的专业英文水平有限的'时候，会出现不能理解关键词的准确含义、无法阅读摘要的主要内容，进而不能获得所需要的信息。在这种情形之下，无论老师如何讲授信息检索的原理，介绍信息检索的方法，对于学生来讲，都会出现茫然不知所措的状态。比如说指定检索癌症相关信息，部分同学只知道cancer可以表示癌症，不知道还有tumor、carcinoma也可以表示癌症，并且词义在医学领域存在差异。再比如，在表述胃癌的时候，可以用stomachcancer，也可以用gastricCancer。针对这一情况，笔者在授课之初会详细讲解MeSH（MedicalSubjectHeadings），即由美国国家医学图书馆建立的一套完整详细的生物医学领域的主题词库。同时，笔者也建议先导课的专业课老师在授课的过程中，尽量采用全英文幻灯片展示，中英文对照学习的方式。上述措施可以有意识地帮助学生扩大专业词汇量和帮助学生理解专业描述，进而帮助学生克服双语教学中的最大障碍。这是从根本上解决双语教学对于学生来说较为困难的方式，也唯有真正具备良好的专业英语水平才可以从本质上掌握生物医学信息检索的方法，才能够满足今后的学习和工作的需求。另一方面，对于生物医学数据库的英文界面不熟悉才会增加学生学习的难度。笔者比较困惑的是，在上课之初，一部分同学不太理解starmenu的含义，对于全英文界面的数据库NCBI（NationalCenterforBiotechnologyInformation），ScienceDirect，Highwire，以及软件Endnote初次接触的时候更是如同看天书。这本身并不困难，但是会极大地增加学生的心理压力，所以这需要授课老师对界面进行详细的讲解和介绍，并给予学生足够的时间去熟悉界面，达到能够熟练掌握的水平，消除学生的畏难心理。

循序渐进

为了避免在学习过程中，学生出现习得性无助的情况，双语教学一定要采用循序渐进的方式进行。切忌一开始就加重学习任务加大学习难度，这样的结果是多数同学会跟不上老师的进度，产生严重的厌学心理，进而会完全放弃这门课程的学习。教师授课以前需要对学生的英文水平和专业覆盖面有一个大概的了解，和学生沟通交流他们的学习兴趣、需求和困难所在，并根据获取的信息结合教学大纲及时调整授课的内容、重点和难点。当学生第一次接触到该门课程的双语学习时，教师需利用其最初的新奇感和参与意识激发同学们的学习兴趣，从简到难的学习进度中，让同学们自主地参与到课程的学习中来，收获到成功的喜悦是进一步深入学习的强大动力。教师在课堂讲授中要循序渐进地增加英语表达的比例，在遇到部分专业词汇时需要做详尽的中文解释；在遇到英文表意较为复杂的情况也需要辅以中文指导，全场和学生保持沟通顺畅，把握教学难点和内容。双语授课不能单纯为了英文表达而表达，忽视了学生在课堂上专业水平的提升。同时也可以让学生自发组成学习小组，让英语基础比较好的同学带动其他同学的学习，同学之间互相促进互相合作，形成一个良好的互动氛围，从教师的“教”彻底转变为学生的“学”，让所有的同学参与到这个过程中来，避免个别同学落后于集体学习进度的情况。

3结语

双语医学信息检索这门课程既有利于学生英语应用能力的提高，同时也有利于学生专业知识的扩展和深化，可以极大地增强学生在今后的深造和就业中的竞争力。虽然这门课中还存在很多问题有待我们做进一步思考与改进，但是只要我们勇于拓新，这门课一定会发挥其作用、展现其价值。随着高等教育中教育理念的更新，双语教学在医学信息检索教学课中的运用会真正服务于学生，服务于社会。

医学毕业生毕业论文2篇

在西学东渐背景之下,我国医学开始了近代化进程。下面是我为大家整理的本科医学毕业论文，供大家参考。

摘要：目的：评价问题式教学法(PBL)教学模式在郑州大学20XX级本科临床教学中的效果。方法：将郑州大学20XX级共计354名临床医学生随机分为2组，分别进行PBL教学和LBL教学，比较两种方法的教学效果。结果：PBL教学班学生期末理论考核成绩、综合能力LBL教学班学生明显提高，差异具有统计学意义(P<)。结论：PBL教学法适用于本科临床教学，能够提高教学质量。

关键词：问题式教学法;临床医学;高等教育

目前我国高等医学院校教学过程中，大多数授课仍以传统教学模式(LectureBasedLearning,LBL)为主，LBL是以教师为中心，采取学生集体)灌输式教学;临床医学生被动接受知识，其学习兴趣不易提高。由于临床医学专业的理论性、实践性和应用性较强，这种单向传输、死记硬背的被动教育模式不能激发医学生学习兴趣，锻炼其临床思维。如何训练和加强医学生主动学习的能力成为了现代医学教育的首要问题。问题式教学法PBL(Problem-BasedLearning，PBL)源于20世纪20年代，以问题为中心，进行开放性、探索性的学习模式，是国际上较新的一种教学方式。该模式实施的主要方法是提出问题-收集资料-小组讨论-课堂讨论-老师总结。该方法以学生为主体，强调临床问题在教学过程中的重要性，通过对针对性临床问题的探讨，提高医学生对学习的主动性、激发学习积极性和兴趣、培养临床思维，由此解决医学生的单向传输的学习问题。郑州大学临床医学系于2006年引入这一教学方法，经过几年的探索，逐步形成了一套具有我校特色的问题式教学法。虽然PBL已经广泛运用于各个领域并取得了较为可观的效益，但对于高等教育临床医学生，尚未有但PBL教学法是否达到了之前的预期效果，我们仍没有客观的评判指标。因此，我们此次的研究旨在通过客观的调查来评价问题式PBL教学模式在本科教学中的效果教学模式在郑州大学临床医学20XX级本科教学中的效果，以期为PBL教学法广泛的推广应用提供科学依据。

1对象与方法

研究对象

选择郑州大学20XX级临床医学五年制全体学生共计记354名。以班级为单位分成2组，实验组32人接受问题式教学法(PBL组)，对照组322人采用传统教学法(LBL组)。两组学生在年龄、性别等方面无统计学差异(P>)。

研究方法

实验设计

我校临床医学学制为5年。所有医学生接受全部临床专业课程。对照组根据我院课程的大纲要求采取传统授课方法。实验组，采用PBL教学法，具体方法如下：传统教学与问题式教学相结合。传统教学主要以系统性讲解理论知识为主，问题式教学主要以学生讨论为主，课前由老师设计病例发给学生，让学生自学，课堂上由老师引导进行讨论分析病例。

观察指标

(1)期末理论考核成绩：采用相同试卷对两组医学进行理论考核。成绩均为百分制，包括临床医学5年制所有专业课程，包括妇产科学、儿科学、外科学、老年医学、内科学、神经病学、传染病学。

(2)效果评价：自制临床医学教学效果调查问卷，主要包括：①综合能力评估：对理论知识的理解掌握程度、学习兴趣及主动性的提高程度、自学能力等方面，每个条目包括显效、有效、一般、无效四个选项;前二者定义为“有效”;②是否考研。采用不记名填写问卷方式。以上从客观和主观上分别评价两种教学模式的教学效果。统计方法根据观察指标数据类型的不同，应用对数据进行统计学分析，计数资料采用卡方检验，计量资料用X±SD表示且采用检验，P<为差异有统计学意义。检验水准为=。

2结果

基本情况：共调查PBL组32名，收回有效问卷29份，有效率;调查LBL组354人，收回有效问卷293份，有效率。

期末理论考核成绩

期末理论考核科目包括：妇产科学、儿科学、外科学、老年医学、内科学、神经病学、传染病学;考核成绩结果显示：与LBL组相比，PBL组学生在所有考核科目中具有较高的成绩，两组在妇产科学、儿科学、外科学、老年医学、内科学、神经病学、传染病学的且差异均有统计学意义(P<)(见表1)。

效果评价

考研率

在考研率方面，PBL组为，LBL组为，两组差异不具有统计学意义(P<)。

综合能力评估

总体上，大多数PBL组的同学对PBL教学法较为满意并能很快适应这种教学方法，与传统教学法相比，实验组同学认为PBL教学在搜集文献资料、培养自学能力、建立正确的临床思维方式、培养团队写作能力、提高语言表达能力更有优势，而在提高学习效率、提高学习积极性方面差别不大，在掌握基本理论知识方面存在劣势(表2)。

3讨论

我国目前医学院校仍多采用传统的授课模式，这种模式有利于教师将知识高效、准确地传授给学生，并极大地节约了教育资源，这种教学法至今仍是其他教学法不可替代的。①但对于医学生，过于重视知识的重要性，而忽略对学生综合素质的培养，对其以后适应临床工作是不利的。②PBL教学，将医学生置于临床问题中，有利于调动医学生的积极性、主动性、创造性，转变学生思维方式，有利于学生独立思考、理论结合临床，灵活应用知识，有利于加强人际交往能力和学生的言语表达能力，促进学生运用和巩固所学知识，并培养对知识的综合运用能力。③经过几年的探索，郑州大学临床医学系已形成了一套以基于问题教学为主体，辅以理论知识串讲的PBL教学法，但PBL教学在国内仍处在起步和探索阶段，在具体实施的过程中存在着一些不足之处，如同学们普遍反映由于减少了老师串讲的环节，对知识的全面掌握存在欠缺，这一点仍需教师在今后课程和问题的设置上增加知识的覆盖面，尽量缩小同LBL教学法在构建学生知识深度和广度上的差距。通过对PBL组调查问卷、两组考试成绩、考研率的分析，PBL教学法在调动学生学习积极性，提高团队协作意识及表达能力等方面显示出了其一定的优势，适合在临床医学本科教学中推广。

注释

①于述伟.LBL、PBL、TBL教学法在医学教学中的综合应用.中国高等医学教育,2011(5):100-102.

②Prince,(PBL)(4):394-401.

③田金徽,刘爱萍,申希平等.PBL教学法在循证医学教学中的应用效果评价.中国循证医学杂志,2011(1):39-43.

【摘要】在我们目前开展的住院医师规范化培训和临床医学专业学位研究生“双轨合一”培养模式下，研究生的临床思维和技能得到加强，但是科研能力和论文写作能力减弱，人文精神和医德教育的重视程度不足。多年实践使我们体会到，科室在研究生的综合素质培养尤其在人文和道德培养中发挥至关重要的作用，在一定程度上决定了研究生的培养质量，而研究生的培养又能促进科室的建设和发展，两者相辅相成。

【关键词】临床专业学位;研究生;临床科室

1998年我国开始试点临床医学专业学位研究生教育，培养出了大批高层次的人才。随着我国医药卫生体制改革和医学专业学位教育改革的推进，为了完善我国医学人才培养体系，2009年《中央国务院关于深化医药卫生体制改革的意见》中明确提出“建立住院医师规范化培训制度”，在这一背景下，医学教育部门近年开展了住院医师规范化培训和临床医学专业学位研究生“双轨合一”培养模式的尝试和探索。虽然在这种模式下，临床专业学位研究生的临床思维和技能得到加强，但是科研能力和论文写作能力减弱，人文精神和医德教育的重视程度不足[1-2]。在研究生培养的实践中，我们深刻体会到充分发挥科室在研究生培养中的作用，对研究生素质的全面提升具有重要的作用，而且能到达促进科室建设与发展的双赢局面，也是科室建设的必由之路。

1提高认识，把研究生培养作为科室建设的的重要工作

改善医务人员的学历结构

研究生教育是医务人员继续教育的一条重要途径。尤其是我院南楼的特殊工作性质，医疗保健工作任务繁重，医务人员渴望提高医疗科研水平，提高自身素质。研究生教育的实施，能够缓解了这方面的突出矛盾，为培养高素质的保健人才，提高他们的理论水平和科研素质奠定了良好的基础。以我院南楼消化科为例，经过多年来的不懈努力，通过研究生教育，改善了科室人才结构，缓解了人才断层状况，而且开拓从事医疗保健工作的医务人员的视野，有助于将他们所获得的知识，转换为临床实际的工作能力。目前，我科中级职称以上医师获博士学位者占，有研究生学历者达100%。

研究生学位课题与科室学科发展的方向紧密结合

为了使研究生所完成的学位论文能够与科室建设的具体规划相一致，达到通过培养研究生，促进科室的学科建设和发展目的。我们在研究生科研立题时，重视强调将选题与老年消化疾病的临床实际紧密结合，与科室承担的科研课题相结合，并要求研究生要在查阅大量文献的基础上突出课题的创新性。积极采用先进的分子生物学技术和生物信息学技术完成学位论文。在大家的团结协作下，老年消化实验室应用先进技术和方法开展研究工作，如制备抗体、纯化和鉴定蛋白、提取质粒、细胞培养等都逐步开展起来。既保证了学位课题的完成，又为科室获得高层次的科研课题和争取高等级的科技成果奠定了基础，先后获得了多项军队重点课题和国家自然基金课题，为今后科室发展起到了推动作用。

始终坚持大局意识

科室在研究生选题、课题论证、实验步骤、论文写作、临床实践等方面，各位导师都能够互相通气，主动协商，步调一致。营造一种既重视团结、和谐的气氛，又要坚持对研究生严格要求、在科研工作中实事求是的科学态度，保证对研究生的培养目标的圆满实现。互相信任是做好研究生工作的基础。科室老专家在这方面起到了表率作用，其十分尊重科室对研究生的培养意见。对研究生在课题完成工作中遇到的困难和问题，科室也积极协调帮助解决，保证了研究生培养和科室建设同步发展。研究生培养教育的实践，使我们深刻的认识到，团结就是力量，始终坚持大局意识，是科室发展的关键。

2为研究生完成高质量的研究课题努力创造条件

我院南楼临床部承担着繁重的临床医疗保健任务，在这种情况下，临床科室的学科发展，尤其是科研课题的完成，很大程度上需要研究生来完成，他们是科学研究的主力军。因此，研究生实验工作的顺利与否不仅关系到研究生毕业论文的完成，而且与整个科室科研工作与学科发展有直接的关系。站在这个高度上，科室对研究生在完成学位论文过程中所遇到的问题，应真正做到及时了解、及时帮助，将他们在实验过程中遇到的困难作为大事来解决。为适应研究生学位课题研究的需要，近年来，我院老年消化研究室在南楼临床部和老年医学研究所领导的'支持以及科室的共同努力下，经多方筹措，先后添置了二氧化碳孵箱，低温冰箱、高速低温离心机等实验设备，为研究生的培养创造了良好的条件。如遇到需要某些实验设备，科室不能解决时，积极同其他实验室协调，保证实验工作的顺利进行。科室不仅为本科室研究生完成科研论文工作提供了较好的实验条件，还吸引了其他科室的研究生来我科室做实验。通过连续培养研究生，不仅使科室的研究方向进一步明确和稳定，而且通过一定深度和难度的科研工作，真正的促进了科室整体学术水平的提高。

3重视研究生能力的培养

研究生和本科大学生的主要区别在于“研究”和“学”字上。研究生与本科生教育最大的不同是，研究生教育的重点是培养和训练学生的自主学习、独立工作、独立研究的能力。研究生除了继续深入学习前人的知识和技术外，更重要的是如何在今后的科研实践中，注重利用各自的优势培养科学的思维。研究生不仅仅是单纯地参加科研工作，更为重要的是让其了解所参加的科研课题的立题过程、意义及现阶段实验在整个课题中的作用等提高研究生培养质量。为了培养自我学习能力，科室要求研究生都要在阅读大量文献包括专著和专业期刊基础上，在科室完成一次本研究方向的公开性学术讲座。培养和训练研究生学会找书、读书，学会收集、识别有价值的信息，并有机地和自己的研究方向结合的学习能力。研究生具有思维敏捷、易于接受新信息、勇于创新的特点。他们上进心强，攻读学位期间，都希望通过努力完成较高水平的学位论文，并发表文章。为达到培养高层次的科技人才目的，科室十分重视发挥研究生的主观能动性，创造条件积极鼓励研究生应用新技术、新方法开展科研工作完成学位论文。根据攻读学位研究生的招生来源和工作年限，结合个体素质、能力、个性基础等方面的差异，科室合理安排工作。外地生源的研究生，即使是科学学位研究生，入科后也安排在临床先熟悉情况。对于本科室来源的研究生，尽可能给一定的时间，在实验室开展并完成具有一定的探索性、创新性的课题，提高他们的科研能力。

4重视科室在研究生人文和道德培养中的作用

人文精神和道德教育是住院医师规范化培训和临床医学专业学位研究生培养不可或缺的部分，目前在”双轨合一”培养模式下，临床医学专业学位研究生临床轮转时间长，很多专业课程改为夜间上课，人文精神和道德教育培养时间减少，加之带教导师忙于临床工作，常常忽略人文精神和道德教育的传授，出现了人文精神和道德教育弱化的弊端[1，3-4]。在医疗过程中，患者不仅需要治疗生理上的疾病，更多的人越来越注重心理及思想上的关怀，一个医师没有人文修养时，是无法应对患者因病而衍生出来的许多其他问题的。人文思想教育可以提升医学生的道德伦理、明辨是非及人际沟通能力，有助于提高医疗水平。近年来，医患关系紧张，人文精神教育显得尤为重要。古希腊医学家希波克拉底曾说过：“医师应具有优秀哲学家的一切品质：利他主义、热心、谦虚、冷静的判断、沉着、果断、不迷信。”因此作为医务人员应树立“医者仁心”的观念，以治病救人为本，以仁爱精神为准则;还需在医疗实践的过程中牢牢树立“医德至上”的理念，做到大医精诚，有利于改善医患关系[5]。专业学位研究生临床时间长，导师在带教过程中言传身教，培养研究生对患者的态度和言行，做到关心、体贴患者，提高研究生与患者沟通的能力，是研究生人文培养的重要环节，而且临床期间不仅是导师的单独指导，更多的是需要科室多名带教老师共同协作，他们对于患者的态度及言行直接影响着所带教学生的对于医患关系的理解。因此，科室重视对研究生的人文和道德培养，是切实保障新的培养模式下培养高素质的医学人才的关键。

5讨论

教学相长，共同提高。在培养研究生过程中，不仅提升了科室医务人员的全面素质，同时也促进了导师自身素质不断提高。研究生所做的工作绝大部分是本学科前沿性的课题，这就要求导师不断提高自身素质，不断更新知识、把握学科发展动态。导师的人文道德影响了研究生的发展，也要求导师不断提高自身修养。实践使我们体会到，科室在研究生的综合素质培养中发挥至关重要的作用，研究生培养也对科室的业务建设和发展起到了强有力的促进作用。

参考文献

[1]唐乾利，刘明，蒋秋燕，等.“双轨合一”模式下临床医学专业学位研究生培养特点分析及培养思路研究[J].右江民族医学院学报，2015，37(5)：748-751.

[2]冯静静.临床专业学位研究生与住院医师规范化培训“双轨合一”模式研究[J].中国中医药现代远程教育，2014，12(17)：70-71.

[3]向征，康清杰.我国临床医学专业型硕士研究生培养现状[J].亚太传统医药，2015，11(12)：136-137.

[4]李晓峰.对住院医师规范化培训制度下临床医学专业型硕士研究生培养的思考[J].继续医学教育，2015，29(7)：30-31.

[5]王国栋，陈潇卿，李葳，等.住院医师规范化培训中的人文思想[J].解放军医院管理杂志，2013，20(4)：351-352.

信息生物毕业论文

微生物技术在城市生活垃圾处理中的应用摘要：本文结合堆肥化、卫生填埋两种现行的城市生活垃圾处理工艺，主要介绍了城市生活垃圾生物处理过程中的微生物种群，以及通过分析开发出的新的微生物技术，指出了应用于城市生活垃圾处理的高效的微生物技术的研究方向。关键词：城市生活垃圾微生物强化微生物处理技术基因工程 ; 随着城市化进程在全球范围的加速，城市化带来的污染和人类聚居状况恶化等问题，已成为世界各国共同关心的问题。城市生活垃圾（Municipal solid waste, 简称MSW）是在城市日常生活及为城市生活提供服务的活动中产生的固体废弃物，是城市环境的主要污染物之一。目前，城市生活垃圾处理处置的方法主要包括卫生填埋（Sanitary landfill）、堆肥化(Composting)、焚烧(Incineration)三种，其中前两种处理方式均属于生物处理技术。具体来说，MSW生物处理技术就是城市生活垃圾中固有的或外添加的微生物，在一定控制条件下，进行一系列的生物化学反应，使得MSW中的不稳定的有机物代谢后释放能量或转化为新的细胞物质，从而MSW逐步达稳定化的一个生化过程。 1. 城市生活垃圾生物处理中主要的微生物。。。

分子生物技术在微生物降解环境污染物中的应用 [摘要〕介绍了与环境微生物关键降解酶基因的筛选、克隆及应用相关的分r生物技术，包括聚合酶链式反应技术、基因重组技术、荧光原位杂交技术和生物信息学等技术，并对这些技术在污染物降解基因检测、筛选和克隆方面的应用进行了阐述与探讨、 [关键词]分子生物技术;微生物;基因;环境污染物;降解随着现代j:\地技术的发展，多环芳烃、含氯有机物和硝基苯类化合物等人工合成井难以降解的污染物大量排放，造成世界范围内的环境污染和生态破坏，严重地威胁人类和其他生物的正常生存和发展。利用微生物修复技术对受污染的水体及土壤进行处理，凸显了其重要的意义和可行性。研究人员发现并筛选到一些微生物，它们不仅对环境有较高的适应性、对污染物有较高的耐受性，而且对污染物有较强的降解效率和专一性。然而环境中存在的大量微生物中仅有少于1%可通过传统的培养方法进行培养、分离和纯化，绝大多数细菌需要非常严格的营养条件川。因此，为了对修复环境有所贡献却难以培养的微生物进行更全面了解，也为了筛选到更多有利于降解环境污染物的微生物菌种及其关键酶基因，分子生物技术和手段逐渐被广泛应用到环境可降解污染物及降解机理方面的研究中。本文对近年来发展起来的聚合酶链式反应 (PCR)技术、基因重组技术、荧光原位杂交(FISH) 技术和生物信息学等多种分子生物技术进行了介绍，并总结了它们在污染物降解基因检测、筛选和克隆方面的应用。 1与环境污染物降解相关的分子生物技术及其相关技术 PCR是一种利用脱氧核糖核酸(DNA)半保留复制原理，在体外扩增位于两段已知序列之间的 DNA区段从而得到大量拷贝的分子生物技术。根据其模板、引物来源或扩增条件的不同，PcR技术可分为以下几种:(l)反转录pCR(RT一PeR)技术，将mRNA反转录为cDNA后再对其进行PCR 扩增，可用来构建cDNA文库，分析不同生长时期的mRNA表达状况和相关性以及mRNA的定量测定等;(2)巢式PCR技术，在扩增大片段目的DNA 时，先用非特意性引物扩增再用特意性引物对第一次扩增产物进行第二次扩增，以获得可供分析的 DNA;(3)竞争PCR技术，是一种定量PCR，向PCR 反应体系中加人人工构建的带有突变的竞争模板，通过控制竞争模板的浓度来确定目的模板的浓度，对目的模板作定量研究;(4)实时荧光定量PCR技术，在PCR反应体系中加人荧光基团，利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程，最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析，该法已广泛用于基因表达研究、转基因研究等方面;(5)扩增的rDNA限制酶切分析技术，根据原核生物rDNA序列的保守性，将扩增的rDNA片段进行酶切，通过酶切图谱来分析菌间的多样性;(6)RNA随机引导PCR技术，基于任意寡核昔酸引物与RNA之间可能的配对，在低严谨度条件下经聚合酶催化使链延伸，将细胞总 RNA或InRNA作为反转录反应的模板，此技术结合单链构象多态性，用非变性胶分辨大小相同而构象不同的片段，可用于诊断遗传突变及分析污染条件下序列的多态性;(7)随机扩增多态DNA (RAPD)技术，是一种基于PCR检测PCR引物结合位点序列改变的方法，通常以10bp的寡核昔酸序列为引物，对基因组DNA随机扩增，电泳分离染色扩‘增产物，再分析多态性。技术 FISH技术利用荧光标记的探针在细胞内与特异的互补核酸序列杂交，通过激发杂交探针的荧光来检测信号。荧光探针比放射性探针更安全，具有较好的分辨力，不需要额外的检测步骤。近年来，由于FISH技术具有灵敏、便捷等优点，迅速发展完善成为研究环境微生物的有力工具。此外，可用不同激发和散射波长的荧光染料标记探针，在一步反应中同时检测几个靶序列。该技术主要包括试样固定、预处理、预杂交、探针和试样变性、杂交、漂洗去除未结合的探针、检测杂交信号等步骤。由于 165rRNA具有遗传稳定性，因此成为FISH技术检测最常用的靶序列。基因重组技术基因重组技术是从供体生物的基因组中通过酶切扩增等手段获取目的基因，与载体连接形成重组DNA分子，再导入到受体细胞中，让外源基因得以表达。在已经分离出的许多菌株中，与降解能力有关的基因多在质粒体上。由于质粒很容易在细菌的繁殖过程中遗失，对细菌降解能力的长期稳定非常不利，可将其与污染物降解有关的酶基因重组到大肠杆菌等微生物中进行表达，以此构建的各种生物降解特性增强的重组菌可用于污染环境的治理修复或发酵某些废弃物。生物信息学 20世纪后期，生物学的迅猛发展，从数量上和质量上极大地丰富了基因组数据库、蛋白质数据库、酶数据库和文献数据库等许多生物科学的数据资源。已有多个国家和国际科研组织建立了生物信息数据库，如欧洲分子生物学实验室(Eur叩ean MolecularBiologyLaboratory)核酸序列数据库和美国国家生物技术情报中心(Nationaleente:fo:Bio- technologyInformation，NCBI)基因序列数据库等。科学家利用计算机及生物信息分析软件分析这些数据资源，确定大分子序列、结构、表达模式和生化途径与生物数据之间的关系，区分生物个体间遗传差异，揭示DNA多样性。例如，基本局部比对搜索工具(BasieLoealAlignmentSearehTool，BLAST)，是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。它基于Altschul等的方法「2〕，在序列数据库中对查询序列进行同源性比对工作。 BLAST程序可对一条或多条、任何数量、任何形式的序列在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对，甚至将有缺口的比对序列也考虑在内，利用比较结果中的得分对序列进行相似性说明。基因的序列分析可揭示出生物物种之间的关系，在污染治理研究中可用于生物基因组特殊区域或特异基因的测序。 2分子生物技术在环境污染物降解中的应用土壤试样总DNA的提取用适当方法直接从土壤中提取DNA并纯化，是从分子生物学角度对土壤微生物进行研究的前提条件，而后可进行酶切、PCR扩增、核酸分子杂交等分子生物学技术操作。从土壤中提取微生物 DNA主要分为汽接法和间接法}’{。直接法是在 ogram等的方法基础卜发展起来的，其主要包括2 个步骤:(l)原位细胞裂解;(2)DNA提取和纯化。直接法提取的DNA超过细菌总DNA的60%且省力，但提取的DNA常常有折断、腐殖酸污染、甚至提取物中还夹杂有未知的胞外DNA和真核生物的 DNA。最先报道间接法的是Faegri等[‘〕，其主要包括4个步骤:(l)分散土壤;(2)分离细胞与土壤; (3)细胞裂解;(4)DNA纯化。间接法提取DNA 产量低且费力，但纯度较高、DNA损伤小，提取的大片段DNA可用来构建cos而d和细菌人工染色体文库等。采用PCR及相关技术扩增分析DNA片段可降解污染物的微生物必然能产生分解代谢该污染物的酶。selvaratnam等L’l用编码苯酚单加氧酶dmpN摹因的RT一PCR技术来检测序列间歇式活性污泥反应器‘{一，降解酚的假单胞菌。检测结果表明，RT一PCR技术不仅能检测微生物降解酚的能力，还能测量dmpN基因的转录水平，从而确定假单胞菌特殊的分解活性，发现了在转录水平下，酚浓度与通气时间之问存在正相关关系。将PCR技术和变性梯度凝胶电泳(DGGE)结合起来，在变性条件适当的情况下能分辨一个碱基对，分辨率较高。染色后的凝胶用成像系统进行分析，可在一定程度l几反应试样的复杂性。条带的多少能反应试样「一 }1微生物组成的差异，条带的亮度能反应试样中微生物的多少。基于以上优点，日前该技术在微生物群落结构的分析和动态研究方面得到了厂‘泛应用。DGGE可通过分析PCR扩增的基因点突变来探索微生物的复杂性。徐玉泉等[“〕从某废水中分离出一株能以苯酚为惟一碳源的菌株 PHEA一2，使用PCR一DGGE技术对该菌165 rDNA进行分析，发现该菌与醋酸钙不动杆菌同源。 M盯sh等r了)利用PcR一DGGE技术获得了活性污泥中真核微生物的种群变化情况。王峰等下8〕采用 PCR一DGGE技术对城市污水化学生物絮凝处理中活性污泥和生物膜微生物种群结构进行了分析，结果表明活性污泥培养前后微生物种群结构发生r 很大改变。 RAPD技术也是一种应用比较广泛的以多态性引物来扩增某些片段的技术。RAPD技术可用于检测含有混合微生物种群的各种微生物反应器中微生物的多样性。用RAPD技术分析检测实验室规模的油脂淤泥培养料中的细菌菌群发现，用油脂淤泥改良过的培养料比未改良的更适于不同的微生物种群生长[9j。vainio等t’。〕从516种孤立的菌落中提取出165rDNA，经PCR扩增后进行测序，检测活性污泥中微生物种群的结构。这些组合技术的应用显著增强r对微生物的检测和鉴定能力，为理论研究工艺优化及提高生物处理效率提供了条件。基因重组基因工程技术应用于环境保护起始于20世纪 80年代。其基本原理是通过基因分离和重组技术，将目的基因片段，比如可编码降解某种污染物的酶，转移到受体生物细胞中并表达，使受体生物具有该目的基因表达显现的特殊性状，从而达到治理污染的目的。找到特定污染的抗性基因，利用基因重组技术转基因后也可获得其他抗性植株以及筛选到可转化污染物的植物，还可开发超量积累植物进行污染土壤的生物修复。罗如新等L”〕用放射性同位素标记tfdc基因片段作探针，Southemblot杂交定位Ll菌株的邻苯二酚1，2一双加氧酶基因位于Pstl的I片段和BamH I的M、N片段，回收并将其直接克隆至表达载体 pKT230卜，获得的重组子能转化不具开环酶活性的甲胺磷降解菌P2，得到高于天然宿主21倍的邻苯二酚1，2一双加氧酶。stingley等{”〕通过构建基因文库和重组质粒等基因工程方法证实了NidAB 双加氧酶是降解菲的关键酶类，并首次鉴定出此基因通过磷苯二甲酸实现降解功能。chae等‘”}发现不能降解苯酚的su如lobusso扣taricu、98/2菌株中的儿茶酚2，3一双加氧酶基因与能降解苯酚的 sulfolo右u，，o如taricu、咫有[6J源区，分析得知它们是山共同祖先进化而来。把儿茶酚2，3一双加氧酶基因克隆到大肠杆菌中表达，可获得有较高降解活性的双加氧酶。重金属污染是环境污染的重要方面之一。随着分子生物学技术的发展，越来越多的修复性蛋白基因正被从植物、微生物和动物中陆续分离出来，如汞离子还原酶基因、有机汞裂解酶基因、汞转运蛋自基因、金属硫蛋白基因、植物络合素合成酶基因、铁离子还原酶基因和锌转运蛋白基因L’‘〕。这些基因通过基因工程的改造，重组到合适的受休细胞中表达相应的蛋白质和酶，达到治理难以降解的有毒有害污染物的目的。sorsa等〔”〕把MTS插人 LamB序列的153位点，在中表达MTs，解决 r细胞内MTs对金属离子有限的吸附能力。综L 所述，基因重组技术具有快速、高效的特性，已逐渐成为环境生物技术的研究热点。技术 FISH技术利用核糖体内长度适中(约1500bp)、高度保守的165:RNA序列作为理想的基因分类靶序列，其中使用的165:RNA寡核普酸探针一般是进行了荧光标记的20bp左右特异性核昔酸片段，利用该报告分子(如生物素、地高辛)与荧光素标记的特异亲和素之间的免疫化学反应，经荧光检测系统对待测DNA进行定性、定量或相对定位分析。 FISH技术能提供处理过程中微生物的数量、空间分布和原位生理学等信息。硝化细菌是一类生理上非常特殊的化能自氧菌，传统的研究方法要经过富集、分离、分类和鉴定步骤，耗时长。HSH技术的引人解决了上述困难。 FlsH技术还被广泛用于活性污泥系统、硝化流化床反应器和膜生物反应器等废水处理系统}’61。基因工程微生物越来越多地被用于农业害虫控制和环境污染的生物修复，对人类健康和环境的影响引起广泛关注。1994年出现了一种新的标记系统:绿色荧光蛋白(GFP)，由于GFP基因表达产物对细胞没有毒害作用，且由GFP产生的荧光标记检测卜分方便、简单。在某些被污染的环境中可分离出降解该污染物的细菌，通过基因重组等手段使用GFP分子标记，可更容易的分离检测被标记的细胞叫。 Bastes等[’8]进行了苯酚降解菌染色体GFP基因标记实验。通过PCR和Southemblot分析，证明 GFP基因已成功整合到宿主细胞的染色体中。对标记菌与野生型的降解能力比较结果证明，GFP分子标记的插人并不影响细胞的苯酚降解能力。用G即标记Pseudomonasputida，研究活性淤泥中细菌存活情况{’9飞。Pseudomonasputida被转到活性淤泥2min后，观察到细胞在淤泥絮凝物间自由游动;培养3d后，发现荧光细胞减少，大部分已被合并到淤泥絮凝物中，以防止细菌被原生动物捕食。用oFP标记石.eozi和Serraliamarceseern，考察菌株附到絮凝物卜的过程{’()j。使用表面荧光显微镜能将带有GFP标记的细胞从活性污泥中区分开，井进行观察和记数。而聚焦激光扫描显微镜 (cLsM)可使GFP标记细菌产生三维轮廓，结合表面荧光显微镜和CLSM观察GFP标记细胞，结果表明，细胞表面疏水性在细菌附到絮凝物的过程中起重要作用，两种细菌附在絮凝物上的模式有很大不同，通过这种方法可更好地理解细菌赫附机理，有助于提高废水处理效果。 3结语分子生物技术的应用使研究人员可从微观的角度更细致深人地了解微生物对污染物降解的具体生理生化机制，在分子水平 _ _ [揭示生物体吸收、迁移、积累有害物质最终被毒害，及适应、抗性等生态问题，从而筛选到更多有利用价值的微生物。随着越来越多微生物全部基因序列的解码，对各种细菌体内可降解基因的分布和表达会有更深人的了解，有关技术的发展和成熟必将对污染物的降解过程有一个整体的、生态水平上的认识。参考文献 l李凤，刘世贵 . 分子生物学技术在环境微生物研究中的应用 . 世界科技研究与发展，2003，25(4):88一92 2AltsehulSF，GishW，MillerW， mentsearehtool . 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最好先阅读几篇相应文章和相今似的论文，比如你的课题是油菜，你可以搜有关其他物种如小麦的。根据论文写作步骤制定实验计划。要练习使用一些常用软件，如NCBI,GenBank,在用时最好先下载安装有道词典，因为是英文网站，不容易懂，专业名词也太多！不要怕，万事开头难！好好准备，入了门就好了！

生物信息学论文题目该如何选择

建议你选论题的时候~可以咨询下你的导师或者师哥师姐，其次就是自己在网上找合适的论文~像（生物过程、微生物前沿）等等这些期刊~你看看哪些方面是你感兴趣或者擅长的地方~根据这些点来选择你的论题吧

1、论文题目最好是作者本人经过科研活动以后，对某一问题比较感兴趣，有些想法由自己来确定。如果他人指定题目，写作效果不会太好。甚至有些作者也不会自主地确定自己的科研课题，而是追着各种项目的课题指南跑，甚至是追着各种学术会议的议题跑。 2、选题新不新首先体现在论文题目，因而题目要抓眼球，要准确、规范。要简洁，不能太长。但是由于期刊评价体系的数据原因，最好是从主流论题的大学科、大方向中选题，这方面小学科和小方向的选题不占优势。那些长期得到关注的选题以及热门但非短期性的选题比较受编辑的青睐。 3、最好不要论及时政，避免政策批评的出现。无论什么期刊，其都是公开出版物，报纸要遵循的要求，学术期刊一样要遵循。 4、虽然论文的学术价值主要体现在创新性上，但不能因此而出现“为创新而创新”的误区。无论怎样，选题的基本原则应该牢记，那就是需要原则、学术原则和可行原则。什么是需要原则？需要性原则，也叫价值性原则，它包括两个方面：一是社会的需要，二是科学本身发展的需要。需要是科学研究的最根本、最内在因而也是最持久的推动力。任何创新都不能偏离这个出发点。那什么是学术原则？学术原则就是要求选题不仅要考虑社会需要，还要考虑选题本身的学术或理论价值。那么，究竟什么论题才能具有较高的学术价值？众所周知，学术价值的高低往往由选题在学科研究中的重要性、紧迫性、深入性、普遍性和开创性来评判，可对于研究水平有限的作者而言，想达到上述标准并非易事。为了有所突破，开辟自己的处女地，不少作者都想先在独创性上下文章。只要发现别人没有论及的问题，而这个问题又恰好在自己能力和兴趣的范围内，就自鸣得意地渴望发表。以这种心态研究和投稿的作者，大都以稿件被拒告终。因此，真正的创新是有前提的，最重要的就是需要原则和学术原则。 5、最好不要选择时事话题作为论文题材，特别是一些敏感的题材，比如群体性事件等等，这些事件具有一定的社会争议性，虽然非常适合作为论文研究的对象，但由于涉及无法定论的社会热点话题，往往会被期刊所排斥。

毕业季来临之际，完成毕业论文成了毕业季中的首要工作。那就完成一篇论文的第一步就是确定我们的论文题目，怎样选择论文题目？

一个新颖、专业、科学的选题，可以让各种人物的读者，不管是导师、辩论老师、同学还是专家学者，都能眼前一亮，并且带着浓厚的兴趣深入了解你的文章。因此选题这一步很重要，先选自己感兴趣的题目，不要为了结业而写论文，更不要为了学分而结束任务，只有当自己感兴趣时选的题目，才能激发我们深入讨论的热情，才能干出探究的动力，而不至于在漫长的写作过程中呈现出一丝不苟的心情。

第二，在选题的时候能先注意到各导师的研讨方向，也许说，在选导师的时候就开始重视各导师的研讨领域，根据自己的发展方向来选择导师。因为一位合适的、优秀的导师在你写论文的过程中遇到的困难，能给你更准确的修改，能更好的帮助你完成毕业论文。

最后，选题前最好还是考虑个人实际情况，假如你只有探讨本校学生就业情况的才能，不要把全市或全国的大学生作为研究对象，要归纳考虑自身的实际情况才能，才能在写作时最大限度地发挥自己的主观能动性，而不是一味地“引用”别人的观点，“引用”别人的研究成果。小编在此祝愿大家顺利完成论文。

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